Avec ses résultats parus aujourd'hui dans le Journal of Medical Viology, une équipe chinoise formule la première hypothèse étayée sur l'origine du virus 2019-nCoV, dont l'épidémie met la Chine sens dessus-dessous. Ce tout nouveau coronavirus combine des gènes de deux virus de la même famille : celui qui infecte les chauves-souris et un autre infectant d'autres animaux, que les chercheurs pensent être "selon toute probabilité" les serpents.

Wei Ji et ses collègues ont mis en évidence ce qu'on appelle une recombinaison homologue, c'est-à-dire un processus génétique où deux séquences codant pour la même protéine chez des individus différents se mélangent pour donner une séquence toute nouvelle, dotée de propriétés inédites. Ces recombinaisons de matériel génétique viral surviennent lorsque des virus provenant d'espèces différentes infectent un même hôte : par exemple, lorsque la grippe aviaire infecte des cochons en même temps que la grippe humaine, les virus peuvent se recombiner gagnant de nouvelles propriétés et devenant plus dangereux.

Dans le cas du virus chinois, la recombinaison a eu lieu au niveau des sites S du coronavirus — pour spike, picot en anglais, en référence aux pointes entourant les virus de cette famille. Visibiles sur leurs images au microscope, ces picots formés par des glycoprotéines expliquent qu'on les appelle coronavirus (d'après le latin pour couronne) et ont pour fonction de se lier à des récepteurs de la surface des cellules à infecter. Or, la nouvelle version des glycoprotéines S aurait précisément permis au nCoV version 2019 de se lier aux cellules humaines, et ainsi de franchir la barrière de l'espèce.

Des serpents vendus vivants au marché de Wuhan

Il reste à présent à comprendre qui de la chauve-souris et du serpent a transmis à l'homme ce virus le premier pour confirmer quelle espèce est le réservoir du coronavirus émergent. Les serpents mangent parfois les chauves-souris et des exemplaires vivants, dont la viande sert à préparer des mets de la tradition chinoise, étaient effectivement vendus dans le marché de Huanan (à Wuhan, Chine centrale), le foyer où s'est manifestée l'épidémie de pneumonie fin décembre.

Alors que le bilan compte déjà 26 morts et 897 cas, dont plusieurs cas en dehors de la Chine, des chercheurs de l'Inserm ont calculé que la probabilité que le virus atteigne la France via des voyageurs est de 5 ou 13 % selon les scénarios, d'après un modèle de circulation en avion.

Une équipe de Hong Kong a par ailleurs définitivement établi que le virus peut se transmettre entre personnes, comme le montre l'étude de six patients d'une même famille qui n'ont pas fréquenté le marché de Huanan, tout juste parue dans la revue The Lancet.

Pendant ce temps, l'Institut Pasteur a annoncé travailler à la mise au point d'un test diagnostique qui permettrait de révéler si un patient est ou a été infecté par le virus. Un outil qui devrait faciliter la tâche à la fois aux médecins et aux chercheurs. Les prochaines étapes ? Vérifier l'efficacité des médicaments antirétroviraux déjà existants, en créer de nouveaux, voire rechercher un nouveau vaccin...

A lire aussi :

• Ce que l'on sait du virus émergent qui se répand en Asie