Os acórdãos do Tribunal da Relação do Porto referentes a casos de violência doméstica não são os únicos que colocam o juiz Neto de Moura no centro de críticas. No ano passado, uma decisão da Relação de Lisboa deu razão ao magistrado num processo que o opunha a quatro militares da GNR. O caso ocorreu em 2012 quando Neto de Moura foi intercetado, em Loures, a conduzir um automóvel que circulava sem matrículas. A reação do juiz quando foi interpelado levou o chefe de patrulha a fazer uma participação ao Conselho Superior de Magistratura, onde o juiz foi absolvido. Mas Neto de Moura decidiu levar os guardas a tribunal e estes, depois de terem sido absolvidos em primeira instância, acabaram condenados na Relação a pagar 9000 euros ao juiz por denúncia caluniosa.

Em 2012, no dia 9 de julho, a patrulha da GNR estava a realizar fiscalização numa rotunda no concelho de Loures. O juiz Neto de Moura passou no local e recebeu ordem de paragem. Segundo os guardas, o magistrado seguiu caminho e só parou mais à frente após os guardas o intercetarem. Circulava na viatura sem chapas de matrículas e justificou à GNR que as matrículas tinham sido roubadas e que iria colocá-las. Um agente da PSP juntou-se e deu ordem de apreensão do veículo. Neto de Moura moveu-lhe um processo mas o polícia acabou absolvido de falsificação de documento e abuso de poder. Mas no Tribunal de Loures ficou extraída uma certidão por falsas declarações do juiz: disse que tinha apenas aquele carro, um Honda Civic, mas ficou provado que a sua mulher tinha também um Audi.

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Mas o que motivou os processos com a patrulha da GNR foi o facto de os guardas acusarem o juiz de ter desobedecido à ordem de paragem e ter reagido mal quando foi abordado. O chefe de patrulha apresentou uma participação no Conselho Superior de Magistratura a denunciar que o juiz Neto de Moura "viu e ignorou a ordem de paragem dos militares da GNR", e, depois de intercetado, manteve uma "atitude provocatória, intimidatória e ofensiva" perante os elementos policiais. Foi aberto um inquérito disciplinar, que acabou arquivado por deliberação de 18 de setembro de 2012, tendo de seguida o juiz apresentado uma queixa-crime contra os guardas. No tribunal de Loures, os militares foram absolvidos dos crimes de denúncia caluniosa e de falsidade de testemunho.

Neto de Moura não se conformou e recorreu. A Relação de Lisboa, num acórdão de 2018, assinado pelos juízes Carlos Espírito Santo e Cid Geraldo, deu-lhe razão e condenou os guardas ​​​​​​​a uma multa de 2340 euros por denúncia caluniosa e falsidade de testemunho e ao pagamento de 9000 euros ao juiz desembargador Neto de Moura.

O acórdão da Relação de Lisboa sustentou que "não se pode dar como provado" que Neto de Moura passou junto dos arguidos, pois um dos guardas afirmou que a rotunda, onde se encontravam os militares da GNR, estava a "cerca de 30/50 metros" da via onde circulava o juiz. Este militar afirmou ainda não poder garantir que o juiz se tivesse apercebido da ordem de paragem, assegurou que este parou imediatamente quando se inteirou da intenção da GNR, acrescentando "que não houve indícios" de fuga. Para os juízes desembargadores, ficou claro que o chefe da patrulha "mentiu". "Dúvidas não restam de que o arguido Santos mentiu despudoradamente na participação que dirigiu ao CSM, bem como nas declarações prestadas no inquérito que se seguiu, imputando ao assistente a prática de um crime de desobediência que bem sabia não ter cometido, com o intuito, por mero revanchismo, de que contra este fosse instaurado um procedimento disciplinar", concluiu o Tribunal da Relação, em que definia que a fiscalização realizada pelos guardas "redundou num espetáculo vexatório" para o juiz.

Esta decisão gerou também polémica por Neto de Moura ter escrito no recurso que os "polícias geralmente mentem". Declaração que motivou uma comunicação do Comando Geral da GNR a todo o seu efetivo, garantindo que iria expor o caso a entidades oficiais, como o Conselho Superior de Magistratura e o Ministério da Justiça. Por terem "sido produzidas afirmações que colocam em causa a integridade, a honestidade e a imparcialidade dos militares desta Guarda e, em última análise, das forças de segurança.

O juiz Neto de Moura, atualmente no Tribunal da Relação do Porto, foi o relator de um acórdão polémico sobre um caso de violência doméstica, em que fez censura moral a uma mulher de Felgueiras vítima de violência doméstica, minimizando este crime pelo facto de esta ter cometido adultério, invocando a Bíblia, o Código Penal de 1886 e até civilizações que punem o adultério com pena de morte, para justificar a violência doméstica. Por esta decisão, acabou sancionado pelo Conselho Superior de Magistratura com uma advertência mas recorreu da decisão.

Recentemente, um outro acórdão, de outubro de 2018, assinado por Neto de Moura voltou a causar polémica por o juiz ter determinado que um homem condenado por violência doméstica não teria de usar pulseira eletrónica durante três anos como ficou decidido em primeira instância. Esta decisão motivou muitas críticas no espaço mediático e o juiz já anunciou que irá processar todos os que considera terem proferido insultos contra si. São cerca de 20 pessoas.