Adunat pe 3 și 4 ianuarie 1990, Sfântul Sinod înaintează Consiliului Frontului Salvării Naționale, organismul suprem în stat din acel moment, o listă de doleanțe. Între acestea, reconstruirea bisericilor demolate și ridicarea altora noi, accesul neîngrădit al preoților în mass-media, spitale, armată și închisori, învăţământ religios în școli, respectarea duminicilor și a marilor sărbători religioase ca sărbători legale.

Documentul, programatic pentru următorii 20 de ani, era şi un mod de a tatona noua putere de la București. Reîntâlnirea Patriarhiei cu propriii credincioși în condiții de libertate se va dovedi mult mai complicată.

Teodor Baconschi: „Evident că în 50 de ani, prin imixtiunea permanentă a Securităţii în viaţa Bisericii, prin recrutări sau prin şantaj, prin alte forme de presiune, au ajuns să îşi pună în Sinod oameni loiali sau oameni controlabili. Cu această poză de finiş ne-a prins Revoluţia”.

La 22 decembrie 1989, Patriarhul Teoctist încercase să se adreseze românilor din studioul 4 al Televiziunii Române. Impulsiv, poetul Mircea Dinescu i-a refuzat intrarea în studio acuzându-l de colaboraţionism. După două ore de așteptare, Patriarhul a plecat. Dacă ar fi vorbit, probabil că mesajul său ar fi semănat cu cel dat publicității în zilele următoare. Biserica Ortodoxă Română își cerea iertare pentru "momentele de slăbiciune" din vremea dictaturii.

Iertarea se lasă aşteptată. Patriarhia se confruntă cu proteste de stradă.

Teodor Baconschi: „Urcau Dealul Patriarhiei grupuri de preoți veniți cu autocare din provincie, mai mult sau mai puțin organizați, huiduiau în faţa Catedralei patriarhale și a reședinței patriarhale cerând demisia sau, mă rog, plecarea din scaunul patriarhal a Patriarhului Teoctist”.

Ziarele aminteau şi că Sinodul îi trimisese o scrisoare de felicitare lui Nicolae Ceauşescu imediat după represiunea de la Timişoara.

Dan Ciachir, scriitor: „Ceauşescu, aşa cum se ştie, a fost reales la Congresul al XIV-lea. Şi toate telegramele, în care Bisericile, inclusiv cea Catolică, vă felicităm, etc, etc Ce a făcut statul: în momentul în care încep evenimentele de la Timişoara, publică această scrisoare ca şi când ar fi fost proaspătă. Deci nu a fost niciodată felicitat Ceauşescu de Sinod sau de Teoctist pentru că a reprimat mişcările”.

Acuzaţiile aduse Bisericii erau însă cu adevărat grave. "România liberă" sau revista "22" se întrebau ce a făcut ierarhia ortodoxă în timpul valurilor de arestări din anii 50, de ce a tăcut când dictatorul Ceauşescu a decis demolarea bisericilor şi de ce nu a protestat în terifianţii ani 80.

Pe 5 ianuarie '90 ia fiinţă Grupul de Reflecţie pentru Înnoirea Bisericii.

Teodor Baconschi: „Ţin minte că se prezenta câte un mitropolit, îmi aduc aminte de Antonie Plămădeală, a venit pur şi simplu cu un aer spăşit şi ne întreba la ce mănăstire să se retragă”.

Grupul de reflecţie, din care făceau parte ieromonahi precum Bartolomeu Anania sau actualul patriarh Daniel Ciobotea, preoţii Constantin Galeriu şi Iustin Marchiş sau pictorii Horia Bernea şi Sorin Dumitrescu, a funcţionat ca un paratrăznet. Grupul nu a cerut demisia Patriarhului sau a vreunui mitropolit, ci intrarea în Sinod a unor figuri noi.

Teodor Baconschi: „Am lucrat cu seninătate încercând să traducem în urechea Sinodului vocea străzii şi să transmitem spre societate un mesaj mai raţional, în spiritul iertării şi al indulgenţei, dar şi al exigenţei de a nu uita, de a scrie istoria, de a spune adevărul”.

Adevărul a impus însă o decizie rapidă. Protestele din Dealul Patriarhiei nu conteneau. Invocând vârsta şi sănătatea, la 18 ianuarie 1990, Patriarhul anunţă că pleacă din fruntea Bisericii.

După câteva zile la spitalul Elias, fostul patriarh se instalează la mănăstirea Sinaia. Dar situaţia era departe de a fi tranşată. Călugărul Teoctist ştia că puterea politică nu agrea o schimbare la vârful Bisericii şi că potenţialii săi competitori din Sinod erau cel puţin la la fel de compromişi.

Teodor Baconschi: „Iliescu şi compania nu i-au cerut Patriarhului să plece şi l-au ajutat să revină peste câteva luni. Pentru că plecarea lui ar fi dat un semnal prost şi în lumea politică aşa cum era ea reconstituită. Dacă patriarhul pleca, poate trebuia să plece toată lumea care avusese de-a face cu comunismul”.

Revenirea patriarhului Teoctist are loc la 4 aprilie 1990. "Vestitorul Ortodoxiei" publicase frecvent cereri ale unor comunităţi călugăreşti şi laice în acest sens. Locotenenţa patriarhală nu reuşise să găsească un înlocuitor potrivit.

Teodor Baconschi: „Un înlocuitor posibil era chiar Anania, avea vârsta, prestigiul, calibrul intelectual pentru a râvni la poziţia de Patriarh. Singurul candidat plauzibil nu a vrut să intre aşa prin alungarea celuilalt, prin presiunea străzii”.

La data demisiei Patriarhului Teoctist, toate organismele elective şi executive ale Bisericii fuseseră suspendate, după modelul consiliilor provizorii ale Frontului Salvării Naţionale. Statutul Bisericii din 1948 spunea însă că alegerile trebuie făcute în termen de 3 luni de la vacantarea funcţiei. Şi, cum la începutul lui aprilie acestea nu avuseseră loc, Patriarhul s-a reinstalat în Bucureşti:

Constantin Stoica, fost purtător de cuvânt al Patrarhiei: „Decizia a fost luată după ce Sf Sinod a solicitat patriarhului să revină în fruntea BOR pentru că fusese ales în mod canonic”.

Teodor Baconschi: „Revenirea Patriarhului Teoctist a consolidat tendinţele de restaurare care se manifestau în 90. Era tensiunea dintre Revoluţie/Reformă şi Restauranţie, adică revenirea discretă la actorii şi obiceiurile de dinainte de 1989”.

Constantin Stoica: „Problema restauraţiei nu este valabilă în această chestiune. Nu era vorba de sugerarea unei astfel de hotărâri care să vină din exteriorul bisericii”.

Absenţa Patriarhului, vreme de aproape trei luni, a uşurat şi povara colaboraţionismului de pe umerii Sinodului.

Teodor Baconschi: „Aceşti mitropoliţi săracii erau unii mai compromişi decât altul”.

Dispuşi după 89 să se retragă, mitropoliţii rămân pe loc în timpul refugiului de la Sinaia, considerând că sacrificarea Patriarhului este suficientă. Reîntoarcerea acestuia le-a furnizat apoi un argument şi mai puternic ca să rămână. Erau oamenii care în ianuarie '90 admiteau că în ceasurile crunte ale ocupaţiei sovietice, Biserica Ortodoxă a ales coabitarea cu dictatura.

Iuliana Conovici, scriitoare: „Încă din ianuarie 90, Mitropolitul Antonie Plămădeală dă un interviu în care spune explicit: "Am ales să nu fim martiri". A fost o alegere tactică de a miza pe supravieţuire”.

Oameni apropiați Patriarhiei resping până astăzi orice posibilă comparație cu Biserica luptătoare a Poloniei.

Dan Ciachir, scriitor: „Biserica Ortodoxă a fost formată pe Bizanţ, pe simfonia, pe înţelegerea dintre Biserică şi Stat. Deci nu trebuia să vină împotriva statului, ci statul să o apere. O secundă, adică Biserica Ortodoxă se află în această simfonie cu statul chiar şi când statul este confiscat de criminali? Biserica Ortodoxă nu poate să meargă împotriva statului decât prin rezistenţă spirituală”.

Cât despre demolarea bisericilor, purtătorul de cuvânt al Patriarhiei spune că nenorocirea începuse înainte de 1986, când a fost înscăunat Patriarhul Teoctist: „Era discutabil acest reproş”.

Alţii preferă să îşi amintească de extraordinara abilitate a Patriarhului şi de misterioasa sa întâlnire cu Ioan Paul al II-lea în ianuarie 1989:

Dan Ciachir: „Am impresia că rafinamentul acela oriental al lui, care i se vedea şi pe chip, ochii migdalaţi, care ştia să asculte, să aibă răbdare, avea un radar bizantin în el, îşi dădea seama că o să pice Ceauşescu după reformele lui Gorbaciov”.

Cert este că Patriarhul reinstalat va prezida, în septembrie 1990, una dintre deciziile istorice ale Sinodului.

Iuliana Conovici, scriitoare: „Sf Sinod scoate din statut toate prevedererile care dădeau statului pârghii de influenţare a deciziei din Biserică".

În lunga bătălie a statului pentru controlul Bisericii majoritare, de la dictatura lui Carol al II-lea și a Gărzii de Fier până la cei 45 de ani de comunism - Patriarhia pare să își ia acum revanșa.