En parallèle du séquençage complet du génome du coronavirus 2019-nCoV, l’Institut Pasteur a poursuivi son travail sur les échantillons prélevés sur les premiers cas confirmés. La qualité du prélèvement initial a permis l’isolement rapide du nouveau virus en culture cellulaire. Désormais, les chercheurs de l’Institut Pasteur disposent du virus à l’origine de cette infection. Cet isolement viral ouvre la voie à de nouvelles approches diagnostique, thérapeutique et prophylactique.

Alors que le séquençage complet du génome viral du coronavirus 2019-nCoV vient d’être réalisé à l’Institut Pasteur, sur des échantillons prélevés sur les premiers cas français confirmés, l’isolement des souches du coronavirus 2019-nCoV détecté en France vient d’être finalisé avec succès et dans un délai très court.

Rappelons que le coronavirus 2019-nCoV, responsable des pneumonies survenues en Chine (voir la fiche maladie de l’Institut Pasteur « Covid-19 »), diffère de deux autres virus bien connus pour être responsables d’épidémies respiratoires récentes : les virus SARS-CoV, responsable de l’épidémie de SRAS en 2003, et MERS-CoV, responsable d’une épidémie évoluant depuis 2012 au Moyen-Orient.

Ces épidémies, sur lesquelles l’Institut Pasteur était déjà mobilisé, ont été riches d’enseignements. « Pour le SARS-CoV comme pour le MERS-CoV, des cellules – appelées Vero E6 – ont été identifiées pour cultiver ces deux coronavirus, souligne Sylvie van der Werf, responsable du CNR des virus des infections respiratoires à l’Institut Pasteur. Courant janvier 2020, nous les avons ressorties de notre collection, que nous conservons précieusement, afin d’être prêts dès que nous détecterions un échantillon positif pour le coronavirus 2019-nCoV. »

Une culture de virus extrêmement rapide

Ainsi préparé, l’Institut Pasteur a pu, dès le vendredi 24 janvier 2020, soit le jour même de la confirmation des cas, mettre en culture sur ces cellules (Vero E6) les prélèvements trouvés positifs pour ce virus. « A l’aide des méthodes de détection, nous avions repéré une charge virale importante dans les échantillons prélevés chez les patients hospitalisés à Paris, ce qui nous a permis d’identifier ceux à mettre en culture en priorité », raconte Sylvie Behillil, responsable adjointe du CNR à l’Institut Pasteur.

La culture des virus s’est poursuivie durant le week-end (25-26 janvier 2020). Lundi 27 janvier matin, la culture avait fonctionné ! « On ne pensait pas que ça pousserait si vite », reprend Sylvie Behillil. Une telle rapidité peut s’expliquer par « la charge virale importante dans les prélèvements », mais aussi par la qualité des prélèvements, complète Vincent Enouf, responsable adjoint du CNR à l’Institut Pasteur.

« On voit que les cellules s’abîment et se regroupent, ce qui peut être le signe qu’elles ont été infectées. Or, on n’observe pas cet effet cytopathogène pour tous les prélèvements inoculés ; ceci nous a confortés dans le fait que nous avions pu isoler les souches, ce qui a été confirmé par des analyses complémentaires. »

A gauche, tapis cellulaire non abîmé par les virus. A droite, tapis cellulaire avec effet cytopathogène (ECP) visible, les cellules infectées par le virus sont détruites. Crédit : Institut Pasteur / CNR des virus des infections respiratoires à l’Institut Pasteur.

Le virus 2019-nCoV désormais disponible pour la recherche

Les chercheurs de l’Institut Pasteur disposent maintenant du coronavirus 2019-nCoV, une étape essentielle pour améliorer les connaissances scientifiques.

Quatre grands domaines de recherche vont ainsi pouvoir être explorés.

La sérologie. Permettre des analyses de réactions antigènes/anticorps, sur la base des anticorps de patients présents dans le sérum sanguin, et mettre au point un test sérologique adapté pour le dépistage de l’infection en population.

NB : Il ne s’agit pas d’un test de diagnostic rapide à l’hôpital, mais d’un test pour identifier les séroconversions dans la population.

Permettre des analyses de réactions antigènes/anticorps, sur la base des anticorps de patients présents dans le sérum sanguin, et mettre au point un test sérologique adapté pour le dépistage de l’infection en population. NB : Il ne s’agit pas d’un test de diagnostic rapide à l’hôpital, mais d’un test pour identifier les séroconversions dans la population. Le développement de traitements spécifiques. Tester les molécules antivirales connues, qui agissent sur le cycle de réplication de certains virus pour évaluer leur potentiel thérapeutique voire prophylactique, ainsi que rechercher des anticorps pouvant avoir une application thérapeutique.

Tester les molécules antivirales connues, qui agissent sur le cycle de réplication de certains virus pour évaluer leur potentiel thérapeutique voire prophylactique, ainsi que rechercher des anticorps pouvant avoir une application thérapeutique. La vaccination. Développer à partir de ce virus des approches vaccinales, déjà explorées auparavant avec d’autres virus : Ebola, MERS-CoV et SARS-CoV, avec pour objectif de proposer un candidat vaccin.

Développer à partir de ce virus des approches vaccinales, déjà explorées auparavant avec d’autres virus : Ebola, MERS-CoV et SARS-CoV, avec pour objectif de proposer un candidat vaccin. La pathogenèse virale. Comprendre le fonctionnement du virus, sa réplication et ses interactions avec la cellule et l’organisme hôte, de façon à mieux cerner son caractère pathogène et à identifier des biomarqueurs de l’infection ou encore de nouvelles cibles pour la mise au point de traitements.

Le Centre national de référence (CNR) des virus des infections respiratoires, à l’Institut Pasteur (Paris), fait partie des laboratoires référents de l’OMS pour le coronavirus 2019-nCoV.

Au total, huit personnes du CNR et deux de la plateforme de séquençage P2M ont été mobilisées cette semaine, et continuent à l’être pour surveiller l’épidémie en France.

Suite à l’annonce des premiers cas et à la déclaration de l’épidémie par les autorités Chinoises, l’Institut Pasteur a mis en place un groupe d’action et de recherche (Task Force) sur le nouveau coronavirus

Le coronavirus 2019-nCoV a été isolé, ce qui est capital pour les recherches, qui ont déjà démarré. En effet, l’Institut Pasteur a rapidement mis en place un groupe d’action et de recherche (ou Task Force), afin de mobiliser ses experts dans l’objectif de mettre au point le plus rapidement possible des outils de diagnostic, de prévention et de traitement pour lutter contre le nouveau coronavirus.

Cette Task Force réunit plusieurs des équipes de l’Institut Pasteur et concentre ses recherches suivant différentes orientations scientifiques :