安倍晋三首相の友人が理事長を務める学校法人「加計（かけ）学園」（岡山市）の国家戦略特区への獣医学部新設をめぐり、文部科学省が内閣府から「総理のご意向」「官邸の最高レベルが言っている」などと言われたと記録された一連の文書について、松野博一文科相は１５日、同じ内容の１４の文書が再調査で見つかったと発表した。さらに、獣医学部新設の事業者選定の要件について、萩生田（はぎうだ）光一・内閣官房副長官が内閣府に対し、実質的に加計学園しか応募できなくなる要件を指示したとされるメールと文書も公表した。

加計学園をめぐる問題は、安倍首相の最側近とされる萩生田氏が獣医学部新設に関与した可能性が浮上した。一方、萩生田氏は１５日、記者団に「指示を出したことはなく、文科省が公表したメールの内容は事実に反する」と述べた。

メールは昨年１１月１日、内閣府地方創生推進事務局から文科省行政改革推進室に送信され、文面には「添付ＰＤＦの文案（手書き部分）で直すように指示がありました。指示は藤原審議官曰く、官邸の萩生田副長官からあったようです」と記されている。「藤原審議官」とは内閣府で規制改革を担当する藤原豊氏とみられる。

添付の文書には、獣医学部新設の要件が活字で記載されていたが、手書きで「広域的に」「限り」などの文言を追加。「広域的に獣医師系養成大学等の存在しない地域に限り獣医学部の新設を可能とする」などと修正された。修正後の要件は、メール送信から８日後の昨年１１月９日、国家戦略特区諮問会議（議長・安倍首相）で決まった方針に盛り込まれた。

獣医学部の新設は、京都産業大が京都府綾部市での設置を計画していたが、同じ関西に大阪府立大の獣医師養成コース（大阪府泉佐野市）があり、京産大は脱落。加計学園は愛媛県今治市に設置をめざしており、四国には獣医学部がなく、修正された要件に合致した。

１４文書確認、内閣府も調査へ

文科省の再調査で一連の文書が確認されたことで、当初、「怪文書」などと断じ、事実関係を軽視してきた安倍政権の姿勢も問われることになった。松野文科相は記者会見で「前回確認できなかった文書の存在が確認できたことは大変申し訳ない」と述べたが、文書の内容が事実かどうかを詳しく調べる方針は示さなかった。

再調査では、民進党などから示された１９の文書やメールを対象に、担当の専門教育課のほか関係する３部署にも範囲を広げて共有フォルダーなどを確認。獣医学部の早期開学について「総理のご意向」「官邸の最高レベル」と書かれた文書はいずれも、当初は調べなかった同課の別の共有フォルダーにあった。文書を作ったとされる職員は調査に対し、「（文書に）こう記載されている以上、（内閣府側から）こうした趣旨の発言があったのだと思う」と答えたという。

文科省の再調査を受け、国家戦略特区担当の山本幸三・地方創生相は内閣府でも調査を行い、１６日朝に結果を発表することを明らかにした。また、自民、民進両党の参院国会対策委員長は１５日、国会内で会談し、首相が出席する参院予算委員会の集中審議を１６日に開くことで合意した。