Алехина и Толоконникова считают, что во время следствия и суда по делу о панк-молебне были нарушены их права на свободу выражения мнения, свободу и личную неприкосновенность, запрет пыток и право на справедливое судебное разбирательство (статьи 10, 5, 3 и 6 Европейской конвенции). Российские власти, отвечая на вопросы ЕСПЧ по жалобе Pussy Riot, с такой трактовкой не согласились. Москва опровергает обвинения в бесчеловечном обращении, ссылаясь на то, что, например, стеклянные клетки используются во многих странах и до сих пор это не воспринималось как нарушение прав человека. Уголовное преследование за панк-молебен тоже нельзя считать покушением на свободу слова, настаивают в правительстве: вмешательство «носило побочный характер по отношению к уголовной ответственности за совершенное преступление» и преследовало законную цель - защиту права на свободу вероисповедания православных христиан.