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La regione sperimenta circa sette mesi di inverno e cinque mesi di estate. Le gelate non sono rare nel deserto, ma, a causa della condizione molto secca tutto l'anno, le nevicate sono scarse.La barriera opposta dalle Ande, che si trova ad ovest del deserto, è la ragione primaria della condizione desertica della Patagonia, dal momento che gli alti crinali (superiori ai 4.000 metri) fermano il flusso di umidità dal sud dell'oceano Pacifico.Questo crea un'ombra pluviometrica che è la causa principale della formazione del deserto, ed è la causa principale della sua aridità, a dispetto del fatto che circa la metà del deserto si trovi a meno di 300 km dall'oceano Atlantico.Anche la corrente delle Falkland, molto fredda e secca, che lambisce la costa atlantica del Sud America contribuisce all'aridità dell'area.Per via dell'elevata variabilità nella temperatura, nelle precipitazioni e nell'altezza, ci sono vari modelli della vegetazione. La brughiera con le paludi e gli arbusti nani, chiamata brughiera di Magellano, predomina lungo il litorale occidentale del sud in cui soffiano venti forti e le precipitazioni sono abbondanti. Intorno ai campi glaciali, l'alta piovosità nelle zone riparate permette l'esistenza della foresta pluviale temperata (foreste subpolari di Magellano), con formazioni di faggio del sud (Nothofagus betuloides).Il bosco misto (foreste pluviali temperate di Valdivian) si può ritrovare nelle zone con intensità di precipitazione più bassa, e comprende essenze come Nothofagus pumilio, Berberis buxifolia e Gunnera magellanica.Dal lato orientale delle montagne, ci sono inoltre zone di foreste pluviali e di paludi in cui l'intensità delle precipitazioni è elevata. Oltre queste zone si estendono la steppa ed il pascolo con gli arbusti bassi, dominati da Festuca ed erbe resistenti alle basse intensità di precipitazione ed ai venti forti.In primavera ed estate, il pascolo è dominato da piante basse ricoperte di piccoli fiori.È un arbusto sempreverde, le cui bacche sono commestibili ed utilizzate per produrre una marmellata. Una leggenda dice che mangiare le bacche di questo arbusto rende la gente sicura di ritornare in Patagonia. Un grande e meraviglioso esemplare di Fitzroya cupressoides, considerato un monumento naturale, si trova nel parco nazionale di Los Alerces.Il, il, lo(Canis azarae), loo Mephitis patagonica (un genere di moffetta) ed il(un roditore sotterraneo) sono i mammiferi più caratteristici delle pianure della Patagonia.Il guanaco vaga in greggi nella regione e rappresentava, insieme al Rhea americana, e più raramente al Rhea darwinii, il principale mezzo di sostentamento per le popolazioni native, che li cacciavano a cavallo e con i cani, utilizzando le bolas. Il(Lagidum spec.) ed il(Dolichotis) sono inoltre animali caratteristici della steppa e della Pampa al Nord.L'avifauna è spesso meravigliosamente abbondante. Ilè uno dei rappresentanti più caratteristici del paesaggio della Patagonia; il colibrì può essere visto in volo in mezzo alla neve appena caduta. Tra i molti generi di uccelli acquatici basti accennare al, all'(Chloephaga picta) e, nello stretto, alla notevole(Tachyeres pteneres). La fauna marina comprende la balena australe, il pinguino di Magellano, l'orca e l'elefante marino.GuanacoVolpe della PatagoniaConuro della PatagoniaPinguino di MagellanoCondor delle Ande