El libertador de Argentina, Chile y Perú fue iniciado masón en la Logia Integridad de Cádiz (1808) cuyo Venerable Maestro (Presidente) era el general Francisco María Solano, Marqués del Socorro. Poco después se afilió a la Logia Caballeros Racionales Nº 3, también de Cádiz, donde recibió el grado de Maestro Masón el 6 de mayo de 1808.

Tras un breve paso por Sevilla, se estableció en Londres durante cuatro meses, allí participó de la fundación de la Logia Caballeros Racionales Nº 7.

Con el Conde de Fife, una de las prominentes figuras de la masonería londinense, acordó los detalles finales de su viaje al Río de la Plata a bordo de la fragata George Canning junto a sus hermanos masones Alvear, Zapiola, Holmberg, Chilabert y otros.

Ya en Buenos Aires, en contacto con Julián Álvarez, Venerable Maestro de la Logia Independencia, y con su ayuda fundaron la Logia Lautaro, cuyo primer Venerable Maestro fue Alvear.

La próxima escala masónica de San Martín fue la ciudad de Córdoba, adonde llegó procedente de Salta después de organizar el Ejército del Norte y dejarlo en manos de Martín Miguel de Guemes.

El 24 de mayo de 1814, San Martín constituyó la Logia Lautaro de Córdoba, cuya Acta de fundación se conserva. Cinco meses después asumió como Intendente de Cuyo y fundó la Logia Lautaro de Mendoza.

Con su hermano masón Manuel Belgrano y a través de misivas y documentos, instaron entonces a la convocatoria de un Congreso que finalmente se reunió en Tucumán y resolvió la Independencia el 9 de julio de 1816. Tres semanas más tarde, el Director Supremo Juan Martín de Pueyrredón nombró a San Martín como General en Jefe del Ejército de los Andes: el Libertador fundó la Logia del Ejército de Buenos Aires en la que fue designado Venerable Maestro.

Tras el cruce de la cordillera, el Ejército de los Andes triunfó en Chacabuco el 12 de febrero de 1817. El parte de la victoria, redactado por San Martín, lleva su firma y la rúbrica que utilizaba en los documentos masónicos.

A poco de su llegada victoriosa a Lima, San Martín fue proclamado Protector del Perú y en ese carácter tomó algunas disposiciones, entre ellas la clausura de la Inquisición. Destinó sus bienes al aumento y conservación de la Biblioteca de Lima (8 de febrero de 1822). Inmediatamente fundó la Logia Paz y Perfecta Unión de la capital peruana que en la actualidad lleva el número 1 de la Gran Logia del Perú.

Sin solución de continuidad, San Martín programó el encuentro con su hermano masón Simón Bolívar. Los preparativos estuvieron a cargo de la Logia Estrella de Guayaquil.

Al instalarse el Congreso Constituyente del Perú, declinó el mando supremo y embarcó con destino a Londres el 10 de febrero de 1824 después de una corta estada en Mendoza.

Al reencontrarse con el Conde de Fife, pasó un tiempo en Escocia. Asistió a las tenidas masónicas de las logias San Andrés Nº 59 y San Juan Operativo Nº 92. Pasó luego a Bruselas, donde se incorporó a la Logia La Perfecta Amistad que mandó acuñar una medalla de plata en su homenaje, obra del masón Henri Simon, en la que el Libertador aparece de perfil.

Al radicarse en Francia retomó la relación con Alejandro Aguado, Marqués de las Marismas, con quien asistió a las tenidas de la Logia de Ivry, cuyo Venerable Maestro era el doctor Rayer, médico personal de Aguado.

José de San Martín falleció en Boulogne Sur Mer el 17 de agosto de 1850.

Cinco años después, la Logia Unión del Plata de Buenos Aires designó a Domingo Faustino Sarmiento y Santiago R. Albarracín para gestionar una estatua que recordara la memoria del Libertador de Argentina, Chile y Perú. La ceremonia de inauguración se desarrolló el 13 de julio de 1862. Hicieron uso de la palabra los masones Bartolomé Mitre, gobernador de Buenos Aires a cargo del Poder Ejecutivo Nacional, el general Enrique Martínez, en representación del Ejército Argentino, Tomás Guido, amigo íntimo del Prócer, y el general Lucio Mansilla, Comandante de la Guardia de Veteranos.

De inmediato, la masonería comenzó las gestiones para la repatriación de los restos de San Martín. El proyecto legislativo fue aprobado, pero la guerra con Paraguay demoró el traslado hasta 1880. La comisión a cargo de esas tareas pensó colocar los restos provisoriamente en la Catedral de Buenos Aires, pero las autoridades eclesiásticas plantearon la objeción de los códigos canónicos que prohíben depositar los restos de un masón en un lugar consagrado.

Después de numerosas reuniones y consultas, la iglesia aceptó la construcción de un mausoleo junto a la Catedral, pero fuera del cuadrilátero consagrado. Colocó el ataúd hacia abajo, según la premisa de que quienes fallecen fuera del seno de la iglesia van al infierno que, según esa versión, se encuentra en las entrañas de la tierra. Veinte años después, las autoridades eclesiásticas comenzaron a rendir homenaje al Padre de la Patria.

La Masonería Argentina rinde emocionado recuerdo a su hermano José de San Martín, su Gran Iniciado, paradigma de virtudes masónicas claramente volcadas a su vida civil y militar.