Первый запуск с космодрома планировался еще в декабре 2015 г., но в середине октября 2015 г. президент Владимир Путин предложил перенести пуск на 2016 г. Запуск был назначен на 27 апреля, но не состоялся: за полторы минуты до старта сработала автоматика. Ракета-носитель «Союз-2.1а» стартовала на следующий день. Путин присутствовал при неудачной попытке и при запуске на следующий день. Позже он объявил выговор вице-премьеру Дмитрию Рогозину и руководителю «Роскосмоса» Игорю Комарову. Гендиректор НПО автоматики Леонид Шалимов, отвечавший за автоматику при первом пуске РН «Союз», был освобожден от должности.