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深刻な被害を出しているニホンジカの県内での生息頭数は、試算された推計幅（１０万６９８３～２９万８１７３頭）の中央値ベースで２０万２５７８頭と推定されることが、県が実施した生息状況調査で分かった。平成２７年度で５年間の計画期間を終える第３期特定鳥獣管理計画による集中的な捕獲が行われなかった場合、３７万７８５４頭に達していた可能性があり、県鳥獣対策・ジビエ振興室は「２８年度からの第４期計画でも第３期計画と同程度の捕獲強化に取り組む必要がある」としている。

生息状況調査は昨年９～１１月に実施した。第３期計画立案のため２２年度に行った調査では、中央値で１０万４６６６頭（推計幅４万３４１０～１６万５９２２頭）と降雪の影響などを受けて大幅に過小評価されていた。県は今回の調査をもとに推計し直した結果、２２年度時点の推計生息頭数を２１万８９７４頭と修正した。

第３期では５年間の捕獲目標１７万頭に対し、捕獲実績はこれを上回る約１８万頭が見込まれ、２２年度時点の推定生息数の８割を捕獲した計算になる。しかし、これだけの数の捕獲を行ってもなお、県内生息頭数は微減にとどまる。農林業被害は減少傾向にあるが、２６年度被害額は約３億７６００万円と依然大きく、ニホンジカ捕獲の優先度は高い。

１平方キロ当たりの生息密度でみても、第３期計画と策定作業中の第４期計画（期間は２８～３２年度）の素案ではともに農林業を優先する地域で１～２頭、ニホンジカ個体群の保護を優先する鳥獣保護区で３～５頭程度と設定する。

しかし調査結果によれば、県内を４区域に分類した場合の生息密度は八ケ岳（中央線、篠ノ井線、犀川、千曲川、小海線に囲まれたエリア）は５１・３９頭で最も過密な状態。以下、関東山地（しなの鉄道、小海線、県境に囲まれたエリア）は３１・００頭、南アルプス（天竜川、中央線、県境に囲まれたエリア）は１２・７２頭で遠く及ばない。その他の地域も５・２０頭で、これまで生息していなかった県の北部や南西部にも生息域を広げている。

県が策定中の第４期計画の素案によると、捕獲目標は毎年度４万頭で５年間の総捕獲数は２０万頭を見込む。餌でニホンジカを誘引して狙撃する「シャープシューティング」といった高度な狩猟技術を導入するなど新たな捕獲体制を導入し、国など関係機関との役割分担や情報共有を徹底しながら、生息数管理を徹底する方針だ。