Le jeu commence avec une projection cinématographique protagoniste Jason Brody en vacances avec un groupe d’amis à Bangkok pour célébrer le jeune frère de Jason Riley sur l’obtention d’une licence de pilote. Dans le cadre des vacances, ils décident de faire un voyage de parachutisme. Ils débarquent sur une île de pirates infestées, et sont faits prisonniers par un seigneur pirate nommé Vaas. Vaas prévoit d’extorquer de l’argent de la rançon de leurs parents, puis de les vendre en esclavage. Avec l’aide de son frère aîné Grant, Jason éclate de captivité, mais Grant est tué par Vaas dans la fuite. Jason est sauvé par un homme nommé Dennis, qui fait partie de la Rakyat, les indigènes insulaires qui souffrent en raison des activités des pirates. Dennis reconnaît le potentiel de Jason comme un guerrier, et lui donne le tatau, les tatouages d’un guerrier Rakyat. Jason aide alors le Rakyat dans un certain nombre de missions et finit par trouver un de ses amis, Daisy, à la maison du Dr Earnhardt.

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