L'année 1539 coïncide étrangement avec celle de L'ordonnance de Villers-Cotterêt; mais celle-ci n'a pas vocation à réglementer directement l'orthographe. Mais le où n'est pas un cas isolé auquel on apporte une réponse isolée : cela participe plutôt d'une innovation de portée plus générale au 16e siècle. En effet, dans Le bon usage (Grevisse et Goosse, ed. Boeck; voir aussi), on explique au §103 que : c'est à l'imprimeur Robert Estienne1 à qui l'on doit, en 1530, l'introduction de l'accent aigu sur le [e] final; au 17e beaucoup utilisé pour marquer le [ɛ] final. Quant à l'accent de grave, on indique qu'il fut d'un emploi « restreint et incertain ». On l'utilise comme signe diacritique avec à, là et où pour distinguer des homonymes dès le 16e; c'est l'influence du là qui entraîne les autres. Mais on attribue à Pierre Corneille l'utilisation de l'accent aigu et grave pour marquer la phonétique entre [e] et [ɛ]. Au Guichet du savoir, on trouve un bloc d'extraits du Dictionnaire historique de l’orthographe française, sous la direction de Nina Catach, Larousse, Paris, 1995 :

" (…) la mise en place des nouveautés typographiques en français est liée de façon incontestable à l’introduction des caractères italiens, aux encouragements du roi et à l’italianisme de la cour. (…) Entre 1525 et 1540 environ, et de façon extraordinairement rapide, les habitudes modernes des signes auxiliaires, des signes de correction et de référence, des signes de ponctuation et enfin des accents, pénètrent dans les éditions latines, puis françaises.

(…) Aucun de ces signes ne semble être proprement français. Entre 1530 et 1540, ils sont adoptés à Paris, en partie chez S. de Colines et R. Estienne, mais surtout par de vaillants initiateurs comme Tory, Augereau, Chr. Wechel… (à Lyon par Sébastien Gryphe, Estienne Dolet, G. Roville, Jean de Tournes, etc.)

(…) C’est aux dessinateurs de lettres, graveurs et fondeurs (Garamond, Granjon) que de grands imprimeurs réformateurs doivent d’avoir pu répandre en France et en Europe la « maigre orthographe » qui est devenue notre orthographe actuelle. " [ Dictionnaire historique de l’orthographe française, sous la direction de Nina Catach, Larousse, Paris, 1995 ]

À la BDL on parle ensuite d'une régression dans l'utilisation des accents dans la première moitié du 17e; pour ensuite la voir se fixer selon l'emploi qu'on en fait aujourd'hui à la fin du 18e.

C'est généralement dans ce contexte que le où prend l'accent, à la date indiquée, pour distinguer des homonymes.