ソラがキーブレードを手にするおよそ10年前、テラ、アクア、ヴェントゥスの3人は旅立ちの地と呼ばれる、代々正当なキーブレードマスターが守護する世界で、マスター・エラクゥスのもとキーブレードマスターになるための修行をしていた。

そして開催されたマスター承認試験はアクアだけが承認される結果となった。

時を同じくして、世界各地に負の感情から生まれた”アンヴァース”と呼ばれる魔物が現れたことが知らされる。

テラはアンヴァース討伐と連絡の途絶えたマスター・ゼアノートの捜索に旅立ち、ヴェントゥスはそれを追って飛び出してしまう。

アクアは師匠のマスター・エラクゥスから、テラの監視とヴェントゥスを連れ戻す密命を受ける。

テラは旅の中で、光と闇の均衡を説くマスター・ゼアノートの教えに傾倒していくこととなる。

運命に導かれるようにしてデスティニーアイランドに降り立つテラ。

そこで出会った少年、リクの心に自分を重ね、テラはリクにキーブレード継承の儀を行う。

遅れてこの地を訪れたアクアは、テラがリクにキーブレードが継承されていることを感じとり、いっしょにいた少年、ソラに自分を重ね、リクに何かあっても彼を助けるように言う。

災いをもたらすと言われる“Χブレード”のことを知ったヴェントゥスは、マスター・エラクゥスに封印されそうになるが、

駆けつけたテラに救われ、デスティニーアイランドに飛ばされる。

そこに現れたヴァニタスは自分と融合してΧブレードになるよう迫るが、ヴェントゥスはこれを拒否する。

そしてヴァニタスが自身の心から取り出された闇から生まれた存在であることを知る。

テラ、アクア、ヴェントゥスの3人の前に、マスター・ゼアノートとヴァニタスが現れる。

激しい戦いの末、テラはマスター・ゼアノートに身体を乗っ取られてしまう。

ヴェントゥスはΧブレードの完成を阻止すべく、ヴァニタスと共に消滅の道を選ぶが、その体はミッキーによって救われる。

目覚めないヴェントゥスと行方不明になったテラを助けるため、アクアは再び旅立つ。

アクアは師の教えに従って旅立ちの地を封印し、いずれ忘却の城と呼ばれるその一室に眠ったままのヴェントゥスを休ませる。

ヴェントゥスの心は消えそうになりながらもソラの心の中で眠りにつく。

アクアはテラの身体を乗っ取ったゼアノートと対峙し、闇に堕ちていくテラを、身をていして光の世界へ帰還させる。それから約10年、闇の世界をさまよっていたアクアは謎の人物と出会う。

その人物は闇に飲み込まれそうになった世界を救った少年のことを話す。

アクアは希望に満ちた表情でその少年、ソラの名を呼ぶ。