Cinq ans après avoir isolé "mimivirus", le virus le plus volumineux jamais identifié, une équipe de biologistes français a annoncé, jeudi 7 août, sur le site Internet de la revue Nature, avoir découvert une deuxième souche de cette famille et un virus capable de l'infecter et ainsi de se répliquer. Cette double découverte remet en partie en question ce que l'on connaissait des origines des virus et des échanges génétiques entre virus.

L'équipe dirigée par Bernard La Scola et Didier Raoult (CNRS, université de la Méditerranée, Marseille) avait découvert en 2003 le premier virus géant, baptisé "mimivirus", dans une amibe qui avait initialement été isolée en 1992 dans l'eau d'une tour d'un système de climatisation située à Bradford (Royaume-Uni). Supposé être une bactérie, il s'avéra en fait être un virus géant. Pour les chercheurs, "mimivirus" constituait une double surprise. D'abord parce que sa taille - 0,4 micromètre - approchait celle de certaines bactéries et faisait de lui le seul virus visible avec un microscope optique. Ensuite parce que son génome était constitué de plus d'un million de paires de bases d'ADN et d'environ 900 gènes quand la plupart des virus n'ont que quelques milliers ou quelques dizaines de milliers de paires de bases et quelques dizaines de gènes seulement.

Les premières analyses de sa structure laissaient supposer que "mimivirus" était apparu très tôt dans l'évolution et qu'il était le premier représentant d'une nouvelle famille. Plusieurs arguments donnent à penser qu'il est capable - lui ou un virus très voisin - d'infecter le système respiratoire des mammifères.

"SPOUTNIK"

La même équipe explique aujourd'hui avoir identifié une nouvelle souche un peu plus volumineuse - d'où la dénomination de "mamavirus" - à partir d'une autre amibe isolée à Paris, également dans l'eau d'un système de climatisation. Mais ce n'est pas tout. Les chercheurs ont par la même occasion découvert un nouveau virus, de petite taille et de structure isocaédrique. "Pensant initialement qu'il ne s'agissait là que d'un virus satellite du premier, nous l'avons dénommé Spoutnik, explique Bernard La Scola. Notre surprise a été d'observer que ce nouveau virus a, en réalité, la capacité de détourner à son profit la mécanique moléculaire de "mamavirus" quand ce dernier est en phase de réplication, en infectant directement son organe de multiplication dans l'amibe devenue une sorte d'usine à virus. Nous sommes là face à une situation inédite. Il était admis jusqu'à présent que, pour échanger des gènes et muter, les virus devaient infecter une cellule. C'est la première fois que l'on observe, ici, des échanges directs de matériel génétique entre virus étrangers."

De la même manière que l'on désigne par le terme de bactériophages les virus qui n'infectent que des bactéries, les chercheurs ont choisi de faire de Spoutnik le premier représentant des "virophages". L'analyse de son génome ouvre de nouvelles perspectives. Il constitue une sorte de mosaïque avec une vingtaine de gènes codant pour des protéines existant dans... les trois grands domaines du vivant : les organismes eucaryotes (animaux, plantes, champignons), les bactéries et cette autre catégorie de micro-organismes que sont les archæa. Une découverte qui vient bouleverser quelques certitudes de cette science encore toute jeune qu'est la virologie.

Jean-Yves Nau