【ストーリー】

かつてポケモンのことが大好きな少年だったティム（ジャスティス・スミス）は、ポケモンに関わる事件の捜査へ向かったきり、家に戻らなかった父親・ハリーとポケモンを、遠ざけるようになってしまった。それから年月が経ち、大人になったティムのもとにある日、ハリーと同僚だったというヨシダ警部補（渡辺謙）から電話がかかってくる。「お父さんが事故で亡くなった――」。

複雑な思いを胸に残したまま、ティムは人間とポケモンが共存する街・ライムシティへと向かう。荷物を整理するため、ハリーの部屋へと向かったティムが出会ったのは、自分にしか聞こえない人間の言葉を話す、名探偵ピカチュウ（ライアン・レイノルズ）だった。

かつてハリーの相棒だったという名探偵ピカチュウは、事故の衝撃で記憶を失っていたが、ひとつだけ確信をもっていることがあった……。「ハリーはまだ生きている」。ハリーは何故、姿を消したのか？ ライムシティで起こる事件の謎とは？ふたりの新コンビが今、大事件に立ち向かう！