Il Garante per la protezione dei dati personali ha avvertito l'Agenzia delle entrate che il nuovo obbligo della fatturazione elettronica, così come è stato regolato dall'Agenzia, "presenta rilevanti criticità in ordine alla compatibilità con la normativa in materia di protezione dei dati personali". Per questo motivo ha chiesto all'Agenzia di far sapere con urgenza come intenda rendere conformi al quadro normativo italiano ed europeo i trattamenti di dati che verranno effettuati ai fini della fatturazione elettronica.E' la prima volta che il Garante esercita il nuovo potere correttivo di avvertimento, attribuito dal Regolamento europeo, attraverso un provvedimento adottato anche a seguito di alcuni reclami. Il nuovo obbligo di fatturazione elettronica - esteso a partire dal 1 gennaio 2019 anche ai rapporti tra fornitori e tra fornitori e consumatori - presenta, secondo il Garante, un rischio elevato per i diritti e le libertà degli interessati, comportando un trattamento sistematico, generalizzato e di dettaglio di dati personali su larga scala, potenzialmente relativo ad ogni aspetto della vita quotidiana dell'intera popolazione, sproporzionato rispetto all'obiettivo di interesse pubblico, pur legittimo, perseguito.Entrando nel merito del nuovo sistema di e-fatturazione il Garante ha rilevato una serie di criticità. In primo luogo, l'Agenzia, dopo aver recapitato le fatture in qualità di "postino" attraverso il sistema di interscambio (SDI) tra gli operatori economici e i contribuenti, archivierà e utilizzerà i dati anche a fini di controllo. Tuttavia non saranno archiviati solo i dati obbligatori a fini fiscali, ma la fattura vera e propria, che contiene di per sé informazioni di dettaglio ulteriori sui beni e servizi acquistati, come le abitudini e le tipologie di consumo, legate alla fornitura di servizi energetici e di telecomunicazioni (es. regolarità nei pagamenti, appartenenza a particolari categorie di utenti), o addirittura la descrizione delle prestazioni sanitarie o legali.

Altre criticità derivano dalla scelta dell'Agenzia delle entrate di mettere a disposizione sul proprio portale, senza una richiesta dei consumatori, tutte le fatture in formato digitale, anche per chi preferirà comunque continuare a ricevere la fattura cartacea o digitale direttamente dal fornitore, come garantito dal legislatore.