Der schweizerisch-nigerianische Doppelbürger wurde vom Challenge-League-Verein FC Winterthur auf die Saison 2015/2016 hin verpflichtet und mit einem Dreijahresvertrag plus Option auf ein weiteres Jahr ausgestattet. In seiner ersten Saison beim FCB erlitt Akanji am linken Knie einen Kreuzbandriss und musste in der Folge mehrere Monate aussetzen. Nach seiner Rückkehr reifte er beim FCB schnell zu einem Stammspieler und gab ein paar Monate später am 9. Juni 2017 unter Vladimir Petkovic beim WM-Qualifikationsspiel gegen die Färöer Inseln sein Debut in der A-Nationalmannschaft.

Im April des vergangenen Jahres verlängerte der FCB, beeindruckt von Akanjis sportlicher Entwicklung, den Vertrag mit seinem Spieler frühzeitig bis in den Sommer 2021. Insgesamt stand Akanji mit dem FCB in nationalen sowie internationalen Wettbewerben 58-mal im Einsatz und erzielte sieben Tore. Zudem konnte er mit dem FCB zweimal die Meisterschaft gewinnen und sich über einen Cupsieg freuen.

Der FCB freut sich nach langen und intensiven Verhandlungen sehr, eine gute Lösung für den Spieler und den Club gefunden zu haben. Bei Manuel Akanji bedankt sich der FCB für seine geleisteten Dienste und wünscht ihm viel Erfolg in der Bundesliga.