Не устроило Минюст мнение Гудкова, высказанное им во время его лекции в июле 2016 года, о политическом устройстве России «как о закрытой авторитарной системе, где власть опирается на силовые структуры, спецслужбы, олигархов, государственных чиновников, бюрократию и представляет их интересы».

Чиновники также отметили высказывания Гудкова о присоединении Крыма в интервью радио «Свобода» в марте 2014 года. В акте приводится следующая цитата: «Всю эту ситуацию с Крымом ведь можно рассматривать и как реакцию власти на ослабление массовой поддержки режима и рост социального недовольства. Это очень важный момент. Ощущение, что вся политическая система в России так же коррумпирована, как и режим Януковича, никуда не делось. Я думаю, что через какое-то время, когда угар и действие пропаганды ослабнут (это не может продолжаться слишком долго, будет обратный эффект), люди почувствуют, во-первых, неприятные последствия аннексии Крыма, а с другой стороны, начнут задумываться о том, почему Россия оказалась в политической изоляции, почему экономическое положение в стране начало резко ухудшаться».

Алексей Левинсон, пишет Минюст, в интервью от июня 2016 года «высказал мнение по вопросу принятия государственным органом решений»: «Я думаю, что если и случаются вспышки народного недовольства, то только в местах, где есть концентрация проблем или неожиданное действие со стороны властей. Известный пример — Пикалёво [город в Ленинградской области, где местные жители выходили на митинги против закрытия предприятий]. Наши власти иногда делают глупости, это может спровоцировать реакцию».

Неблагие дела

Минюст в своем акте перечислил также материалы Левада-центра, которые он счел политической деятельностью в интересах других государств. Среди них брошюра «Демократия в России: установки населения», проект «Мониторинг социальных и экономических перемен».

Отягчающим обстоятельством для социологов стало то, что их материалы цитируются СМИ. «В ходе проведения проверки установлено, что результаты проводимых организацией исследований применяются средствами массовой информации, как в России, так и за рубежом. Так, например, в ежедневном дайджесте иностранной прессы о событиях в России и в мире InoPressa регулярно используются данные исследований организации. <...> Помимо исследований, проводимых в различных сферах общественной жизни, организация опубликовывает статьи и аналитические материалы относительно внутренней и внешней политики Российской Федерации», — пишет Минюст. В пример приводятся перевод статьи в международной интернет-газете Christian Science Monitor от февраля 2016 года, в которой говорится о возможной причастности российских властей к кампании в соцсетях и на улицах против президента США Барака Обамы. Также чиновники ведомства цитируют перевод колонки дочери убитого политика Бориса Немцова Жанны в российской англоязычной газете The Moscow Times под названием «Движение вспять: моральное разложение России», опубликованной в декабре 2015 года.

Большую часть иностранного финансирования Левада-центр получил из США, в том числе от Висконсинского университета в Мэдисоне, курирующим учреждением по которому значится Министерство обороны США, говорится в акте проверки. По данным, опубликованным на сайте Минюста, центр также сотрудничал с Университетом Джорджа Вашингтона, Колумбийским университетом и Университетом Колорадо. Кроме того, Левада-центр работал с крупнейшим американским институтом общественного мнения Gallup, одной из крупнейших британских организаций маркетинговых исследований Ipsos MORI, Немецким обществом по техническому сотрудничеству (Deutsche Gesellschaft Fuer Technische Zusammenarbeit GMBH), сотрудничающим с правительством Германии, и др. Все это сотрудничество признано иностранным финансированием.

Неуместны к выборам

В 2013 году, после принятия законов об НКО-агентах, центр уже несколько раз проверяла прокуратура, тогда статуса иностранного агента социологи избежали. Левада-центр не первая НКО, которую включают в реестр за высказывания руководства. В 2015 году большой резонанс вызвало включение в реестр иностранных агентов фондов «Династия» и «Либеральная миссия», финансировавшихся известным предпринимателем Дмитрием Зиминым. Тогда поводом для Минюста для признания фондов политическими стали семь московских лекций о современной политике.

НКО-агенты обязаны указывать свой статус во всех публикациях в СМИ и интернете. Они не вправе «осуществлять деятельность, способствующую либо препятствующую выдвижению кандидатов, <...> избранию кандидатов <...>, а также в иных формах участвовать в избирательных кампаниях, кампаниях референдума», сказано в законе «Об основных гарантиях избирательных прав». В законе не указано, подпадает ли под данное ограничение на ​проведение предвыборных опросов. Левада-центр не может отказаться от всех иностранных контрактов, заявил во вторник Гудков, а продолжение работы по публикации политических рейтингов ​пока под вопросом.

Рейтинги власти, которые публикует Левада-центр, традиционно ниже, чем у двух других крупнейших полстеров — ФОМа и ВЦИОМа. В начале сентября Левада-центр опубликовал опрос, согласно результатам которого рейтинг «Единой России» заметно упал — с 39 до 31% опрошенных (опрос 1600 человек в 48 регионах 26–29 августа 2016 года). По данным ВЦИОМа, за «Единую Россию» готовы проголосовать 41% опрошенных (в опросе участвовали 1600 человек в 130 населенных пунктах, проводился 28 августа), у ФОМа электоральный рейтинг партии составил 45% (опрос 3 тыс. человек, 28 августа).

Включение Левада-центра в реестр агентов связано с грядущим четвертым сроком Владимира Путина, считает политолог Алексей Макаркин. «Публикация предвыборных рейтингов могла стать последней каплей, реальные же причины гораздо глубже. Есть желание в контексте предстоящих президентских выборов усилить контроль и убрать с поля социологов, которые задают населению неудобные вопросы. Это связано с тем, что ситуация после выборов будет очень сложной: грядет повышение пенсионного возраста, масштабное сокращение расходов и т.д. — и все это в условиях непростой геополитической обстановки», — рассуждает Макаркин.​