Optou-se assim por municipalizar a coordenação da prevenção e também o combate, uma vez que em cada concelho e em muitas freguesias iam surgindo corpos de bombeiros, aliás em parte dependentes das autarquias. Sem conhecimentos técnicos e apesar das melhores intenções, o sistema evoluiu numa perversa aliança entre municípios e bombeiros, tutelada e financiada pelo Estado, reforçando a cada ano o combate (meios materiais e pagamento de deslocações e de equipas de bombeiros voluntários), em detrimento da prevenção.

Após os incêndios de 1991 e 1995, um outro relatório técnico (Stauber), realça a necessidade de uma estrutura profissional que se dedique à prevenção e ao combate. A Lei de Bases da Política Florestal (Lei n.º 33/96), aprovada por unanimidade e em ainda em vigor, prevê no artigo 10.º, n.º 2, alínea e) uma organização com essas características. Mas, ao mesmo tempo, o Governo decide desmantelar os seus Serviços Florestais centenários! Apesar da redução de importância económica e da expressão territorial da agricultura e do aumento da relevância da floresta e das suas funções ambientais, degradou-se o nível do serviço público (outrora operacional e eficaz), e a máquina burocrática focou-se na aprovação de planos e estratégias virtuais e na distribuição dos dinheiros que chegavam de Bruxelas.

Com o desordenamento da edificação no território, a expansão peri-urbana, o fim da agricultura de subsistência que defendia as aldeias dos fogos, a ausência de gestão activa dos espaços florestais e a desorganização silvopastoril, os incêndios foram ficando cada vez maiores, o que exigiu que o sistema se especializasse nas tarefas de defesa das populações, sem nunca conseguir internalizar e formalizar as competências e standards internacionais de combate aos incêndios florestais.

Em 2003, o sistema colapsa e é lançada uma Reforma Estrutural do Sector Florestal, que procura reunir o compromisso dos agentes, reforçando o papel da prevenção que fica inscrito no novo diploma que define o sistema (DL 156/2004). Em 2005, no âmbito dos estudos técnicos entretanto encomendados pelo Estado à universidade, a proposta técnica do Plano propõe a criação de uma organização unificada que execute a prevenção e também combata incêndios (na linha do que constava da dita Reforma Estrutural).

Outros estudos recomendaram a profissionalização do sistema que deveria proteger a floresta, nomeadamente, relatórios norte-americanos (2003 e 2004), o estudo de 2005 da COTEC (de iniciativa presidencial) e um relatório de peritos chilenos no mesmo ano. Mais uma vez e pressionado para obter respostas no curto prazo, após o desastroso Verão de 2005, o Governo redistribuiu as responsabilidades por três instituições (ICNF, GNR e ANPC) e reforçou a dimensão da proteção civil, conferindo aos municípios mais poderes, nomeadamente a aplicação de coimas a quem não limpar em torno das habitações (o que se viria a revelar inútil, já que os autarcas mostraram uma eficácia quase nula).