Desde o golpe, as universidades se tornaram um dos poucos espaços de pensamento crítico. Isso gerou uma ofensiva conjunta da CGU (Controladoria Geral da União), Polícia Federal e Ministério Público contra a autonomia universitária.

No início, tentativas de proibição de atos políticos internos. Depois, a identificação de pequenas irregularidades administrativas para justificar ações bombásticas de invasões de campus e prisão de dirigentes e professores, especialmente graves nos episódios da Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC) e da Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG).

A burocracia pública, para repasses de verbas federais, convênios, obriga as universidades a pequenas gambiarras, remanejamento de sobras de um programa para outro, na prestação de contas. Há pouquíssimo espaço para corrupção.

No entanto, a ofensiva visou criminalizar essas pequenas irregularidades, para abrir espaço para a repressão política.

Alguns exemplos recentes do medo que passou a dominar as universidades.

Um arqueólogo da USP recolheu diversos objetos não orgânicos da guerrilha do Araguaia para sua tese de doutorado. Montou um acervo de valor histórico. Agora, a USP está desesperada para se livrar do acervo. Tentou entregá-lo para a Secretaria de Direitos Humanos, que não tem estrutura para abrigá-lo. Ao mesmo tempo, participou de um evento com o Comando Militar da região de São Paulo, em função de uma bem-vinda parceria tecnológica com as Forças Armadas. Mas o evento deu a impressão de estar em busca de apoio militar para se defender da ditadura dos poderes civis. Na UFABC, a participação de docentes em um livro gerou um inquérito interno. Antes disso, tentou-se acuar a diretoria por ter providenciado um táxi para trazer do aeroporto familiares de um aluno gravemente ferido em manifestações contra o golpe. Depois da brutalidade da operação da PF de Minas sobre a UFMG, a universidade não mais teve interesse em abrigar o Memorial da Anistia, uma obra relevante para a memória nacional. A Unicamp recusou-se a batizar uma sala com nome que remetesse à repressão, por conta de um acordo firmado com o MPF. Seria a contrapartida ao descaso com que seu departamento de Medicina Legal, presidido pelo notório Badan Palhares, com as ossadas de Perus.