Le ministère de l’agriculture a annoncé vendredi 9 décembre la fin d’un contentieux de plus de deux ans entre la France et l’Europe au sujet d’une directive sur les nitrates, ces dérivés des engrais azotés qui polluent l’eau.

Dans un communiqué, le ministre Stéphane Le Foll se félicite ainsi de « la décision formelle de la Commission européenne (…) de mettre un terme au contentieux engagé à l’encontre de la France sur l’application de la directive nitrates », et salue « la reconquête de la qualité des eaux dans notre pays ».

« Les autorités françaises ont entrepris des efforts considérables pour s’aligner [sur les] règles de l’Union », a confirmé un porte-parole de la Commission européenne, pour qui « les mesures annoncées permettront d’améliorer la qualité des eaux en France », menant l’institution à « classer l’infraction correspondante ».

L’essentiel du problème des nitrates résulte de l’excès d’azote issu des fertilisants, qui ruisselle des terres agricoles vers les rivières. La réglementation française est jugée bien trop laxiste, notamment sur les dates et les durées d’épandage de lisier et autres fertilisants azotés.

Condamnations et menaces de pénalités

La directive européenne sur les nitrates, en cours depuis 1991, avait donc valu à la France plusieurs condamnations et menaces de pénalités. La Cour de justice européenne a ainsi condamné deux fois Paris pour un manquement à ses obligations concernant la pollution par les nitrates.

La France avait pourtant engagé en 2011 puis en 2013 une vaste réforme de son dispositif réglementaire pour tenir compte des critiques de la Commission. Mais, après moult avertissements, celle-ci a fini par saisir la Cour de justice de l’Union européenne (CJEU). Dans son arrêt, le dernier concernant cette affaire, le 4 septembre 2014, la CJEU enjoignait à la France de revoir son programme national d’action, notamment sur « la nature des actions correctives pour revenir à un bon état des eaux ». Faute de s’y conformer, la France risquait le paiement à Bruxelles de millions d’euros d’astreintes financières.

« La commission nous avait également reproché la façon avec laquelle on délimitait les zones vulnérables aux nitrates », ces régions sérieusement polluées par les effluents agricoles, a fait savoir le ministère. En effet, une transposition française de cette directive nitrates, entrée en vigueur à l’été 2014, avait fait basculer près de 4 000 communes et 63 000 exploitations agricoles dans l’illégalité, au grand dam de nombreux exploitants parfois contraints à des investissements coûteux pour limiter la pollution des eaux et la prolifération d’algues vertes.

« Enormément d’explications »

« Ce qui a permis de retrouver la confiance – et d’éviter toute pénalité financière –, c’est énormément de discussions, énormément d’explications », selon le ministère, qui dit qu’il y a « des points sur lesquels on a dû durcir un peu les règles. Sur d’autres points, on a pu aussi préserver ou assouplir certaines règles. » A l’appui de ces démonstrations, des éléments techniques fournis à la Commission, ont été établis par l’institut technique de l’élevage, ou par l’Inra.

La Commission européenne « attend désormais l’adoption formelle et complète des actes régissant la nouvelle désignation des zones vulnérables aux nitrates, qui constitue le deuxième volet de ce dossier nitrates, pour mettre un terme à l’ensemble du contentieux », conclut son porte-parole. Huit Etats membres de l’Union européenne sont toujours en contentieux au titre de l’application de la directive nitrates, selon le ministère.

Le Monde avec AFP