学校法人「森友学園」への国有地売却問題で、会計検査院は１９日、改竄（かいざん）した決裁文書を検査院に提出した財務省の行為について、会計検査院法に違反すると明らかにした。省庁に対する違反認定は初めて。検査院は同日、参院予算委員会の理事懇談会で、今年３月から実施している追加検査の途中経過を説明。今後検査結果がまとまり次第、最終報告を公表する。

検査院は、佐川宣寿前国税庁長官が財務省理財局長時代に廃棄したと説明していた交渉記録や改竄前の決算文書が提出されていれば、昨年１１月に公表した検査報告の結果も異なるものになったと指摘。近畿財務局が事前に森友学園側に提示した貸付料の概算額については「財務局が有利な価格で契約を締結することの支障となり、不適切だった」と結論づけた。

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検査時に財務省や国土交通省から交渉記録が提出されなかった点については担当職員の懲戒処分を求めるかどうか検討するとした。

検査院は「真正でない資料が提出されたり、すでに廃棄されたとの説明を受けた交渉記録が存在していたりしたことは極めて遺憾だ」と財務省を批判した。

検査院は昨年１１月、国交省大阪航空局が積算したごみの処分量が過大だったとする検査結果報告書を参議院に提出。検査院は当初、値引き額が最大６億円過大だったと試算したが、ごみ処理単価などの資料が破棄され、値引き額の算定根拠が不十分だったとして適正価格を示さず、値引きが不当かどうかの判断には言及しなかった。