Les scientifiques ont découvert qu’une souche de choléra causant une épidémie au Yémen – la pire de toute l’histoire – venait d’Afrique de l’Est et était probablement née au Yémen par des migrants.



En utilisant des techniques de séquençage génomique, des chercheurs du Wellcome Sanger Institute britannique et de l’Institut Pasteur français ont également déclaré qu’ils devraient désormais pouvoir mieux estimer le risque de futures épidémies de choléra dans des régions comme le Yémen, donnant ainsi plus de temps aux autorités sanitaires pour intervenir.



«Savoir comment le choléra évolue dans le monde nous donne l’occasion de mieux nous préparer aux futures épidémies», a déclaré Nick Thomson, professeur à Sanger et à la London School of Hygiene and Tropical Medicine, qui a dirigé les travaux.



Près de quatre années de guerre entre une coalition dirigée par l’Arabie saoudite et le groupe houthi aligné au iranien ont paralysé les systèmes de santé et d’assainissement au Yémen, où quelque 1,2 million de cas présumés de choléra ont été signalés depuis 2017, dont 2 515 décès.

L’Organisation mondiale de la santé (OMS) a averti en octobre que l’épidémie s’accélérait de nouveau avec environ 10 000 cas suspects désormais déclarés par semaine, soit le double du taux moyen enregistré pour les huit premiers mois de 2018.



Pour explorer les origines de l’épidémie, l’équipe de Sanger et Pasteur a séquencé les génomes d’échantillons de bactéries du choléra prélevés au Yémen et dans les zones voisines.



Ils comprenaient des échantillons provenant d’un centre de réfugiés yéménites à la frontière entre l’Arabie saoudite et le Yémen et 74 autres échantillons de choléra d’Asie du Sud, du Moyen-Orient et d’Afrique orientale et centrale.



L’équipe, dont les conclusions ont été publiées mercredi dans la revue Nature, a ensuite comparé ces séquences à une collection mondiale de plus de 1 000 échantillons de choléra et a découvert que la souche à l’origine de l’épidémie du Yémen est liée à la première découverte en 2012 en Asie du Sud qui a se répandre globalement.

Les scientifiques ont constaté que la souche yéménite n’était pas arrivée directement d’Asie du Sud, mais qu’elle circulait et provoquait des épidémies en Afrique de l’Est en 2013-14, avant d’apparaître au Yémen en 2016.



“La génomique nous a permis de découvrir que la souche de choléra à l’origine de l’épidémie dévastatrice et persistante au Yémen est probablement liée à la migration de personnes de l’Afrique de l’Est vers le Yémen”, a déclaré Thomson. Il a toutefois ajouté que, parmi les échantillons disponibles, l’équipe n’était pas en mesure de déterminer avec exactitude les pays d’Afrique orientale où la souche avait été créée

Source. : https://in.reuters.com/article/us-yemen-cholera/in-yemen-worlds-worst-cholera-outbreak-traced-to-eastern-africa-idINKCN1OW1EA