Таким образом, в пользовании РПЦ, которой в 2000 году передали нижний храм, окажется вся церковь Покрова Пресвятой Богородицы в Филях.

Последние годы всё чаще звучали призывы вернуть Церкви верхний храм с полностью оригинальным убранством начала XVII века. В 2014 году настоятель церкви Борис Михайлов заявил, что музей не справляется с задачами по сохранению памятника. Тогда же РПЦ обратилась в Росимущество с просьбой передать ей верхний храм для богослужений. А когда в июле 2016 года подошёл срок передачи, у музея Рублёва сменилось руководство — его возглавил Михаил Миндлин (до этого занимавший пост руководителя Государственного центра современного искусства).

Миндлин и Министерство культуры обратились в Росимущество с просьбой остановить передачу здания храма и его внутреннего убранства в распоряжение РПЦ. Новый директор посчитал, что Церковь не способна в достаточной мере обеспечить сохранность памятника. Но ведомство не нашло никаких оснований для приостановки процесса и предписало музею освободить помещение в ближайшее время. Таким образом, филиал музея будет реорганизован, все его сотрудники будут сокращены (девять человек).

При этом иконостас и иконы, паникадило и подсвечники, а также уникальный царский балкон храма (всё — начала XVII века) останутся частью музейного фонда и продолжат быть закреплены за музеем Рублёва. Даже после передачи храма Церкви за сохранность убранства продолжит отвечать музей. Поэтому 8 августа музей собрал расширенный реставрационный совет и вместе с экспертами Третьяковской галереи, Русского музея, центра Грабаря и НИИ реставрации составил условия договора пользования церковью.

Так, РПЦ обяжут укрыть все иконы под стекло и не допускать соприкосновения с ними, проводить богослужения только в летнее время по крупным праздникам, не ставить отопительных приборов (храм всегда был "летним"), ограничить использование открытого огня — зажжённых свечей — до необходимых по богослужебным канонам, охранять убранство храма, а также допускать специалистов музея для контроля за состоянием музейных предметов.

— Это один из главных, если не главный, образец нарышкинского барокко XVII века, иконостас верхнего храма написан мастерами Оружейной палаты, иконы написаны царскими изографами. Нижний и верхний храм — неделимый памятник. Поэтому логично, что церковь будет пользоваться этим памятником, — сказал директор музея Михаил Миндлин.

— Жалко, что придётся покинуть музей, — говорит экскурсовод Анастасия Нечушкина. — Я проработала в нём много лет. Я знаю, как храм и парк должны выглядеть. А то ведь не все верующие знакомы с историей. Вон, вместо исторических тюльпанов насажали в парке подсолнечников, ну куда это годится?