Pemerintah Indonesia menangkap dan menahan Wenda di Jayapura pada Juni 2002. Tuduhannya, ia menghasut massa menyerang Mapolsek Abepura dan membakar dua toko di Abepura pada 7 Desember 2000.Dikenal sebagai 'Abepura Berdarah', menurut laporan Komnas HAM , kekerasan itu menewaskan Brigpol Petrus Epaa dan melukai Briptu Darmo, Bripka Mesak Kareni, dan Bripka Yoyok Sugiarto. Serangan itu juga membakar satu rumah makan Padang serta satu toko pakaian dan arloji. Seorang satpam bernama Markus Padama tewas di kantor Dinas Otonom, berjarak sekitar 2 km dari Mapolsek Abepura.Polisi membalas dengan menerjunkan regu Brigade Mobil, mengejar ke tiga asrama mahasiswa Papua (Ninmin, Yapen Waropen, dan Ilaga) serta mengepung tiga perkampungan warga Papua. Pengejaran dan penangkapan ini disertai penyiksaan terhadap orang-orang Papua. Akibatnya, dua orang meninggal dunia di Mapolres Jayapura dan seorang cacat seumur hidup, serta seorang lain cacat seumur hidup akibat penembakan sewenang-wenang. Seorang warga Papua bernama Elkius Suhuniap dibunuh di daerah Skyline oleh anggota Brimob.Kasus ini diproses sebagai pelanggaran HAM berat, menetapkan Kombes Johny Wainal Usman (komandan satuan Brimob Polda Irian Jaya) dan Ajun Kombes Daud Sihombing (pengendali dan pelaksana perintah operasi) sebagai tersangka. Namun, dalam pengadilan HAM Ad Hoc yang digelar di Makassar, majelis hakim memutuskan keduanya bebas pada September 2005.Benny Wenda sendiri, pada 27 Oktober 2002, melarikan diri dari penjara Abepura berkat bantuan dari aktivis kemerdekaan Papua. Wenda diselundupkan ke Papua Nugini. Lalu, dibantu oleh LSM di Eropa, ia melakukan perjalanan ke Inggris, negara yang memberinya suaka politik bersama keluarganya pada 2003