一連の朝日の報道をまとめると、議員への開示文書では、もとの文書にあったとされる、財務省理財局長の承認を受けて特例的な契約を結ぶ経緯が記されていた項目が丸ごとなくなっているなど、いくつもの違いがあったとした。

国会で佐川理財局長（当時）らが「全て適正に手続きを行った」などと森友に便宜を図ったことを否定する答弁を続けてきたことから、それに沿ったかたちで書き換えが行われた可能性があるという。

決裁を受けた公文書を事後に書き換えたとすれば、あるいは原本と内容が違うものを国会に開示していたとすれば、法的責任を問われる可能性も出てくる。

現時点での焦点は、まず朝日が指摘する、原本にあたる文書が実在するかどうか。次に、原本が実在し、国会開示文書との違いが本当にあるとすれば、財務省がなぜそのような改変を行ったのかという点だ。

朝日の報道が国会で取り上げられたことを受け、財務省は当初、調査を行って3月6日に報告するとしていた。だが、6日の参院予算委員会理事会で「捜査の対象ともなっており、すべての文書を直ちに確認できない状況となっている」などと報告。文書の有無を明らかにしなかった。

野党側の反発が高まるなか、財務省は8日の参院予算委理事会に決裁文書のコピーを提出したが、国会議員に昨年開示したものと同じ内容だった。それ以外にも文書があるかどうかを問われた財務省の富山一成理財局次長は「これ以外というところは調査継続中」と答え、この時も有無を明言しなかった。