学校法人「加計（かけ）学園」の愛媛県今治市への獣医学部新設計画をめぐり、当時の柳瀬唯夫首相秘書官（現・経済産業審議官）が「首相案件」と発言したとされる県作成の文書について、内閣府、文部科学省、厚生労働省は１７日、調査では確認できなかったと発表した。各府省の大臣が閣議後会見で明らかにした。

内閣府で国家戦略特区を担当する梶山弘志・地方創生相は、担当者らへの聞き取りを実施したことを明らかにした上で「当該文書の有無について事務局内部全体をくまなく検索したが確認できなかった」と述べた。文書に「内容は総理官邸から聞いている」「かなりチャンスがあると思っていただいてよい」といった発言が記されている藤原豊・地方創生推進室次長（現・経済産業省貿易経済協力局審議官）からも聞き取ったが、「（発言について）承知をしていない」と答えたという。

林芳正文科相は、関係部署の共有フォルダーなどを調べたほか、関係職員らに聞き取りをしたが文書は見つからなかったとした。加藤勝信厚労相も「調査したが、そういった文書は見つからなかった」と語った。その上で「調べることは調べた」とし、厚労省に文書は存在しないと結論づけた。

文書は、柳瀬氏が２０１５年４月に愛媛県職員らと首相官邸で面会したときの様子を記録したとされる。農林水産省が１３日にほぼ同じ内容の文書を見つけたと公表。首相官邸が、関係する内閣府、文科省、厚労省に調査を指示していた。

また、県職員らが官邸を訪れた日に内閣府が文科省に訪問予定を伝えたメールが見つかったとするＮＨＫの報道に対し、菅義偉官房長官は会見で「文科省で関係者に事実関係を確認している」と述べた。