時代の流れの中に消えていった忍びと呼ばれる者達。この現代において、いまだに忍びの血は絶えていなかった。

草壁流忍道を学びし、次期当主候補の草壁鬼一と恵慈の兄弟。同じく草壁流忍道を学びし、笹乃目雪那と名夜竹満月。

草壁流忍道には、男子は1人決められたくノ一を育て上げなければならない掟がある。そのくノ一と、子供を作らなければならない掟がある。

草壁の男子は物心ついた時にはすでに手にクナイを握らされて育つ。修行開始の日より5000日が経過した日にパートナーを選定し、一ヶ月以内にくノ一忍法を授けなければならない。すべてのくノ一忍法を授けた後、婚礼の儀を行わなければならない。

その5000日を目前に控えたある日、物語は始まる。