「ダイヤモンド鉱国」のお姫様、ほうせきポケモンのディアンシーは、国のエネルギー源である「聖なるダイヤ」を作り出す力を備えるため、サトシ、ピカチュウ達とともに「生命のポケモン」ゼルネアスを探す旅に出る―。長編作品「劇場版ポケットモンスターＸＹ 破壊の繭とディアンシー」とピカチュウ達がいろいろな世界を探検する短編作品「かぎたばポケモン」の豪華２本立て。

イッシュ地方を旅するサトシとピカチュウ、アイリス、デントたちは、“大地の剣”と呼ばれる城を中心に広がる街アイントオークへとやってきた。そしてこの街の収穫祭で、人やポケモンに不思議なパワーを与える幻のポケモン、ビクティニに出会う。そのビクティニのパワーを利用しあることを企む者により、アイントオークはかつてない異変に巻き込まれることに─。