Flynn, ABD'nin FETÖ elebaşı Fetullah Gülen'e sığınak olmaması gerektiğine de işaret etti ve şu yorumu yaptı:

"Arka bahçemiz Pensilvanya'ya rahatça yerleşmiş olan bu maskeli terör ve istikrarsızlık kaynağı tarafından Washington'ın gözü boyanırken NATO müttefikimiz Türkiye'ye engel olmak mantıksızdır. Türkiye'nin bakış açısıyla Washington, Türkiye'nin Usame bin Ladin'ine sığınak oluyor. 11 Eylül'den sonra Usame bin Ladin'in Türkiye'de güzel bir köyde yaşadığını ve aynı anda da Türk vergi mükelleflerinin vergileriyle fonlanan 160 okulu işlettiğini öğrenseydik ne yapardık?"

FETÖ'nün ABD'deki sözleşmeli (charter) okullarına da değinen Flynn, "Amerikan vergi mükellefleri, Gülen'in ABD'deki 160 sözleşmeli okulunun finansmanına yardım ediyor. Bu okullarla ilgili yürüyen birçok dava var." değerlendirmesinde bulundu.