任天堂は、Newニンテンドー3DS/New 3DS LL/New 2DS LL/3DS/3DS LL/2DSにおいて本体機能の更新データ「11.13.0-45J」の配信を12月3日開始した。最新バージョンでは、「すれちがい通信」が成立しないことがある症状の修正が行なわれている。詳細は、「ニンテンドー3DSの本体更新について」のページにて確認してほしい。

本体機能の更新は、本体をインターネットに接続して、「本体設定」→「その他の設定」→「本体の更新」で行なえる。なお、本体のバージョンが「2.0.0-2J」以降の場合はインターネット接続することにより自動的にダウンロードされる。

また、一部のニンテンドー3DS専用ソフトのゲームカードには、本体機能の更新データが収録されており、そのゲームカードを本体に差し込むと、収録されているバージョンに更新することができる。