学校法人「加計（かけ）学園」の愛媛県今治市への獣医学部新設計画をめぐり、林芳正文部科学相は２０日、愛媛県職員らが２０１５年４月２日に柳瀬唯夫首相秘書官（現・経済産業審議官）と面会する予定を記したメールが見つかったことを明らかにした。内閣府から文科省に送信されたメールを印刷したものが、文科省の調査で確認されたという。

内閣府の梶山弘志地方創生相は２０日、メールの存在は確認できなかったものの、当時の担当職員が「記憶はないが、自分が作成・送信したものと思われる」と話していることを明かした。内閣府によると、この職員は文科省からの出向者だった。柳瀬氏は「記憶の限りでは、愛媛県や今治市の方にお会いしたことはない」などと説明している。今回のメールは、面会予定が政府内で共有されていた事実を示しており、柳瀬氏の説明の信頼性がいっそう問われることになる。

愛媛県が作成した文書には職員らが、藤原豊・地方創生推進室次長（現・経済産業省貿易経済協力局審議官）と面会後、柳瀬氏が首相官邸で対応して「本件は、首相案件」と発言したなどと記されている。内閣府によると、藤原氏は「明確な日付は分からないが、愛媛県や今治市職員とこの頃に会ったことは記憶している」と面会を認めた。

メールは１５年４月２日に送られ、同日午前に藤原氏から「熱意をどれだけ示せるか」「構想の内容を検討いただき、ご相談いただきたい」といった説明があったと記されている。それに続き「本日１５時から柳瀬総理秘書官とも面会するようです。概要は後でまとめてお送りします」とあった。林氏によると、「概要」の存在についても調べたが、文書は見つからず、覚えている職員もいなかった。

内閣府によると、藤原氏は面会について「国家戦略特区制度を丁寧にＰＲするという大臣指示を受けたもので、特別な対応ではない。何らかの指示をしたわけではない」などと説明したという。

柳瀬氏は愛媛県側との面会をこれまで認めていない。林氏は２０日の会見で「それぞれの方々がしっかり説明責任を果たしていかれるということだと思う」と述べた。