任天堂は11月5日、Newニンテンドー3DS/New 3DS LL/New 2DS LL/3DS/3DS LL/2DSにおいて本体機能の更新データを配信した。最新バージョンは「11.12.0-44J」で、更新内容は「システムの安定性や利便性の向上」。

本体機能の更新は、本体をインターネットに接続して「本体設定」→「その他の設定」→「本体の更新」より行なえる。なお、本体のバージョンが「2.0.0-2J」以降の場合はインターネット接続することにより自動的にダウンロードが開始される。

また、一部のニンテンドー3DS専用ソフトのゲームカードには、本体機能の更新データが収録されており、該当するゲームカードを本体に差し込むことで、収録されているバージョンに更新することができる。