Версию о дворцовом комплексе высказывал еще Дмитрий Клеменец в конце XIX века. Планировка Пор-Бажына очень похожа на планировку монгольского городища Чилен Балык (VIII век), которое было дворцом кагана или его жены. Вполне вероятно, что Пор-Бажын тоже был укрепленной ставкой уйгурского кагана, но его расположение в труднодоступном месте все же заставляет ученых склониться к версии, что построен он был не для самого правителя, а для его жены. Археологи предполагают, что по дороге к Пор-Бажыну принцесса могла умереть, а саму крепость после этого несколько десятков лет поддерживали в исправном состоянии (сохранились следы ремонта), но потом, за ненадобностью, постепенно забросили.