علی مطهری «حل مسائل مربوط به فتنه، رفع حصر خانگی و آزادی زندانیان سیاسی بر اساس عدالت» را «مطالبه مشروع و طبیعی» هواداران دولت یازدهم خوانده و گفته است که تا زمانی که عدالت در کشور برقرار نشود و به اتهامات دو طرف درگیر در مسائل سال ۸۸ یکسان رسیدگی نشود، وجدان جامعه آرام نخواهد گرفت.



نماینده اصولگرای مجلس در این گفت‌وگو از لزوم تعریف برخی الفاظ نظیر «فتنه» و «فتنه‌گر» گفته است. «فتنه» اصطلاحی است که مقامات جمهوری اسلامی و بسیاری از اصولگرایان ایران برای توصیف اعتراض‌های پس از انتخابات ریاست جمهوری سال ۸۸ به کار می‌برند.



آقای مطهری معتقد است آنانی که تا پیش از اعلام نظر شورای نگهبان، به عنوان مرجع قانونی و داور رسمی، به نتیجه انتخابات معترض بودند و فکر می‌کردند در انتخابات تقلب شده، فتنه‌گر نیستند. علی مطهری به خبرگزاری ایسنا گفته است: «حتی ممکن است کسی امروز معتقد باشد تقلب شده است، این به معنی فتنه‌گر بودن آن فرد نیست، بلکه نظرش این است.»



علی مطهری، نماینده تهران در مجلس شورای اسلامی، در گفت‌وگوی تفصیلی خود با خبرگزاری ایسنا بار دیگر بر «رسیدگی عادلانه به همه جوانب وقایع سال ۸۸ و روشن شدن نقش همه عوامل دخیل در آن از جمله محمود احمدی‌نژاد» تاکید کرد.علی مطهری، روز هشتم دی‌ماه و در آستانه سالگرد تظاهرات روز نهم دی، از احکام سنگین درباره رویدادهای سال ۸۸ انتقاد کرده بود و خطاب به صادق لاریجانی، رئیس قوه قضاییه، گفته بود که بهتر است به جای شعار دادن درباره فتنه به حل آن بپردازد. اظهاراتی که در روزهای بعد جنجال‌های بسیاری برانگیخت و موجب شکایت قوه قضاییه از این نماینده اصولگرای مجلس شد.آقای مطهری روز شنبه، چهارهم دی‌ماه، گفت‌وگوی مفصلی با خبرگزاری ایسنا انجام داد که این‌ گفت‌وگو تا روز سه‌شنبه، ۱۷ ماه، امکان انتشار پیدا نکرده است.آقای مطهری عملکرد صداوسیما در پخش برنامه‌های مربوط به سالروز تظاهرات نهم دی‌ماه را افراطی خوانده و گفته است که این رسانه رفتار منصفانه‌ای نداشته است.روز نهم دی‌ماه سال ۸۸ جمعی از هواداران حکومت در اعتراض به ناآرامی‌های پس از انتخابات دست به تظاهرات زده و از حکومت خواستند تا با رهبران مخالفان، آقایان میر حسین موسوی و مهدی کروبی، برخورد کنند.آقای مطهری کتاب ۹ جلدی دایره‌المعارف حوادث ۸۸ را نیز کتابی بی‌اعتبار خوانده و گفته است که این کتاب تنها بر اساس ادعاهای اثبات‌نشده نوشته و منتشر شده است.دفتر مرکزی شورای هماهنگی تبلیغات اسلامی روز پنجم دی ماه از دایره‌المعارفی ۹ جلدی با نام «فتنه ۸۸» رونمایی کرد که بر طرح جلد آن عکس آقایان کروبی، موسوی و محمد خاتمی دیده می‌شود.نماینده اصولگرای مجلس نهم شورای اسلامی با رد دسته‌بندی بین اصولگرایان و اصلاح‌طلبان گفته است «هرکس باید هم اصولگرای واقعی باشد و هم اصلاح‌طلب واقعی.»آقای مطهری در این گفت‌وگو خود را پیرو تفکر آیت‌الله خمینی و مرتضی مطهری، پدرش، خوانده و گفته «اصولگرایی واقعی راهی است که من طی می‌کنم.»فرزند مرتضی مطهری، در انتقاد از رویکرد اصولگرایان مجلس در دوران ریاست‌ جمهوری محمود احمدی‌نژاد، از «تعصب گروهی» این افراد در تصمیم‌گیری‌ها و حمایت‌های «بیجا و بیش‌ازاندازه» از رئیس‌جمهوری وقت گفته و معتقد است که این افراد «کشور را به اینجا رساندند.»آقای مطهری با اشاره به سال‌های ریاست‌جمهوری احمدی نژاد قانون‌گریزی او را انحراف بزرگی خوانده و گفته که مجلس باید همان زمان که ایشان به صراحت می‌گفت «فلان قانون را اجرا نمی‌کنم» او را «برکنار می‌کرد.»مجلس اصولگرای نهم از زمان آغاز به کار دولت یازدهم بیش از ۱۴۲۹ بار به وزرای دولت حسن روحانی تذکر داده و دو سوم وزرا را به مجلس فراخوانده است.مطهری با اشاره به این موضوع و این که «در این چند ماه تعامل مجلس با دولت خیلی خوب نبوده» ابراز امیدواری کرده است که در آینده این تعامل به تعادل برسد. آقای مطهری مشخصا شکست اصولگرایان در انتخابات گذشته ریاست‌ جمهوری را یکی از دلایل ناراحتی نمایندگان و احساسی عمل کردن آن‌ها در مقابل دولت یازدهم می‌داند.نماینده تهران در مجلس شورای اسلامی در گفت‌وگو با خبرگزاری ایسنا، به برخی «معضلات فرهنگی» در کشور نظیر مسئله حجاب، ازدواج دیرهنگام و تعداد فرزند نیز اشاراتی کرده و وضعیت پوشش اسلامی در کل کشور را «قابل قبول» عنوان کرده است.مطهری معتقد است که دستگاه حکومت نباید در مورد حجاب سختگیری کنند، چرا که «مردم روی اعتقادشان حجاب را رعایت می‌کنند و این طور نیست که رعایت حجاب با اجبار و زور باشد.»مطهری در این بخش از گفت‌وگوهایش از دولت احمدی‌نژاد و سیاست‌هایش در قبال مسئله حجاب انتقاد می‌کند و می‌گوید که این دولت به مسئله حجاب دهن‌کجی می‌کرد و رئیس این دولت در تلویزیون علیه نیروی انتظامی صحبت می‌کرد و به افراد سهل‌انگار چراغ سبز نشان می‌داد.علی مطهری در حالی این گفت‌وگوی تفصیلی را با خبرگزاری ایسنا انجام داده که این روزها و در پی صحبت‌هایش در رابطه با مستقل نبودن قوه قضاییه در پرونده ناآرامی‌های ایران پس از انتخابات ریاست‌ جمهوری سال ۸۸، در مرکز توجه رسانه‌هاست.پیرو اعلام خبر شکایت قوه‌ قضاییه از این نماینده مجلس ، تعدادی از همکاران مطهری در مجلس این انتقادها را حق نمایندگان مجلس خواندند و عده‌ای دیگر از نمایندگان چون زهره طبیب‌زاده نوری او را « عامل ام‌آی ۶ » یا «تحت تاثیر سرویس‌های جاسوسی» معرفی کرده‌اند.آقای مطهری نیز در دفاع از خود روز یک‌شنبه، ۱۵ دی ماه، گفت که «مجلس حق دارد درباره همه امور کشور اظهارنظر کند» و «از این اعلام جرم‌ها بوی استبداد به مشام می‌رسد.»