Na exposição interna temos a representação de quatro Ecossistemas Brasileiros: Floresta com Araucária, Floresta Atlântica, Cerrado e Banhado, ambientados em salas compostas por dioramas, animais taxidermizados e vegetais desidratados, além de exposição sobre Fósseis, Aves, Moluscos e um aquário com peixes da Bacia do Rio Iguaçu.