De Nederlandse regering was op de hoogte van de misdaden die de Syrische rebellenbeweging Jabhat al-Shamiya beging. Dat blijkt uit een mailwisseling in de zomer van 2016 tussen Amnesty International en Buitenlandse Zaken, die is ingezien door Nieuwsuur en Trouw. Ondanks deze kennis en de belofte aan de Kamer dat ze geen mensenrechtenschenders in Syrië zou steunen, besloot de regering om Jabhat al-Shamiya in 2017 logistieke hulpgoederen te sturen. De mensenrechtenschendingen van de door Nederland gesteunde groepering Jabhat al-Shamiya staan beschreven in het Amnesty-rapport 'Marteling was mijn straf' van 5 juli 2016. In dit rapport beschrijft Amnesty de misdaden die vijf gewapende oppositiegroepen begingen tussen 2012 en 2016 in Noord-Syrië. Een van de vijf groeperingen is Jabhat al-Shamiya, die volgens Amnesty International executies voltrekt, burgers ontvoert en 'sharia-rechtbanken' runt waar de doodstraf staat op afvalligheid. Amnesty bracht het rapport na de publicatie herhaaldelijk onder de aandacht van het ministerie van Buitenlandse Zaken, zo blijkt uit de mailwisseling. De inhoud van het rapport, inclusief de naam Jabhat al-Shamiya en de misdaden die deze strijdgroep volgens Amnesty beging, was bekend bij het ministerie.

Was het juridisch wel gerechtvaardigd wat Nederland in Syrië deed? André Nollkaemper is de extern volkenrechtelijk adviseur van het kabinet, maar hij is nooit geraadpleegd. Vanavond stuurde hij alsnog zijn oordeel aan de Kamer.

Amnesty International sprak op 9 augustus 2016 mondeling met Syrië-gezant Gerard Steeghs en zijn medewerkers op het ministerie van Buitenlandse Zaken over het bewuste rapport. Daarbij overhandigde Amnesty verschillende geprinte exemplaren. Later die dag stuurde Amnesty nog een laatste e-mail aan medewerkers van Steeghs met de digitale versie van het rapport. In het contact met het ministerie van Buitenlandse Zaken vroeg Amnesty toenmalig minister Bert Koenders om zijn invloed aan te wenden landen die Jabhat al-Shamiya op dat moment steunden, ertoe te bewegen deze hulp onmiddellijk te staken. Amnesty wees daarbij niet alleen op steun in de vorm van wapens, maar ook specifiek op logistieke steun. Een jaar later besloot de Nederlandse regering zelf de groepering te ondersteunen met logistieke hulp, zoals pick up-trucks en uniformen. Dat de Nederlandse regering kennis had van het onderzoek van Amnesty blijkt ook uit een commissievergadering tussen Kamerleden en toenmalig minister Koenders van 7 juli 2016, die plaatsvond twee dagen na publicatie van het rapport. PvdA-Kamerlid Angelien Eijsink vraagt dan aan minister Koenders te reageren op het 'heftige rapport'. Koenders noemt het Amnesty-rapport "verschrikkelijk" en zegt dat de mensenrechtenorganisatie terecht aandacht vraagt voor de misstanden. "Je kan altijd zeggen het komt even niet goed uit, maar mensenrechtenschendingen zijn mensenrechtenschendingen."

Een overvloed aan informatie De Amnesty-onderzoeker die het rapport opstelde, Diana Semaan, is geschrokken van het nieuws dat Nederland Jabhat al-Shamiya van logistieke steun voorzag. "Dat de Nederlandse regering deze groepering steunde, ondanks de overvloed aan informatie over hoe de groep het internationale humanitaire recht schond, is op zijn zachtst gezegd schokkend." Al eerder bleek dat Nederlandse VN-ambassadeur, Karel van Oosterom, op de hoogte was van de mensenrechtenschendingen die de door de regering gesteunde strijdgroepen in Syrië begingen. Nederland had een zetel in de VN-mensenrechtenraad en vanuit die hoedanigheid regelmatig contact met de VN-commissie die oorlogsmisdaden in Syrië onderzocht. Voormalig lid van deze commissie, Carla del Ponte, stelde dat Van Oosterom "tot in detail" op de hoogte was van het VN-rapport dat waarschuwde voor de Sultan Murad Brigade die bewoners in Aleppo zou onderdrukken. Nederland steunde tussen mei 2015 en maart 2018 22 strijdgroepen in Syrië. Het kabinet beloofde de Tweede Kamer dat ze alleen 'gematigde' groeperingen zou steunen die het humanitair oorlogsrecht zouden naleven en niet zouden samenwerken met extremisten. Bij signalen van mensenrechtenschendingen of 'ander onwenselijk gedrag' zou de Nederlandse steun 'onmiddellijk worden gestopt', zo luidde de garantie aan de Tweede Kamer. Syrië-gezant Gerard Steeghs wilde niet reageren op vragen van Nieuwsuur en Trouw.