La SPA de Besançon a été créée en 1937 afin de recueillir dans son refuge les chiens, les chats et les nacs abandonnés, égarés ou maltraités. Tout est mis en oeuvre pour le bien être des pensionnaires.

La journée, les chiens bénéficient collectivement de parcs extérieurs et de promenades par les bénévoles, la nuit ils disposent de boxes individuels chauffés. Les chats, quant à eux, évoluent dans quatre chatteries disposant d’un accès extérieur sécurisé. Des bénévoles participent à leur sociabilisation. Et concernant les Nouveaux Animaux de Compagnies, ils profitent d’un foyer temporaire en famille d’accueil, le temps de leur adoption définitive.

Le refuge a également un rôle de fourrière avec les communes ayant passé convention avec la SPA.