舞台の中心となるのは、明治11年東京、薫風の章。

血に染まった剣を封印し、逆刃刀を手に流浪人となった男 ― 緋村剣心と「人を活かす剣」を信じる真っ直ぐな瞳の少女―神谷薫が出合う。

人を守りたかった少年が、何故人斬り抜刀斎という修羅となったのか。

その男が何故不殺の流浪人となったのか。大切な人達と出会いながらも、罪の答えを探す剣心の苦しみは続く…。

幕末の動乱を生き抜いた者達の、新たな戦いが始まる。