С сайта «Коммерсанта» удалили несколько фраз оппозиционера Алексея Навального, которые он произнес интервью радиостанции «Коммерсант FM». В частности, редакция удалила следующее высказывание политика:

Когда я говорю «жулики и воры», я имею в виду и Путина, и Медведева, и Ротенбергов, и всех на свете. Мне никакого приговора суда не нужно, несмотря на то, что я юрист, они по сути своей являются жуликами и ворами.

Кроме того, из текста пропало высказывание Алексея Навального о том, что у власти в России находится человек, который «войну развязал в Европе» и «который самолет сбил».

Прежняя версия интервью доступна в кэше Google (еще одна сохраненная копия). Выражение «жулики и воры», придуманное Навальным, множество раз используется на сайте «Коммерсанта».

Позднее «Коммерсант» объяснил, что удалил слова Навального по рекомендации правового департамента издательского дома, поскольку зявление «может быть истолковано» как нарушение закона «О СМИ».

«Коммерсант» несколько раз удалял уже опубликованные статьи. В 2013 году была удалена заметка о расследовании Алексея Навального о дачах российских чиновников. В том же году издание удалило публикацию об указе Владимира Путина, который запрещал проведение протестных акций в Сочи.