Le parquet de Paris a ouvert en novembre 2019 une information judiciaire pour « soustraction de documents ou objets concernant un crime ou un délit en vue de faire obstacle à la manifestation de la vérité », afin de déterminer les circonstances de la disparition du coffre-fort.

Sur la base de certains éléments de l'enquête, Libération a affirmé en février 2019 que l'« ami » qui a déplacé le coffre est Chokri Wakrim (qui est aussi le compagnon de Marie-Elodie Poitout, la chef de la sécurité de Matignon).

Auditionné en janvier 2020 par les enquêteurs, Chokri Wakrim l'a contesté. Il a toutefois mis en cause deux proches collaborateurs de l'Elysée, Ludovic Chaker et Christian Guédon : il a déclaré les avoir vu en présence du coffre le 19 juillet dans l'appartement parisien de Pascale Perez (dans lequel Alexandre Benalla a un temps trouvé refuge). Il a également assuré que le contenu d'un second coffre-fort présent à l'Elysée et contenant des données « sensibles » avait été transféré dans un sac de sport par Christian Guédon à la demande d'Alexandre Benalla. Ludovic Charker a contesté avoir participé au déménagement du coffre.

Selon Mediapart, la taille du coffre ne permettrait pas d'abriter certaines armes restituées plus tard par Alexandre Benalla.