L'enquête fait suite à un rapport de la Cour des comptes qui avait dressé un diagnostic sévère sur les finances de la Société du Grand Paris (SGP), l'établissement public chargé en premier lieu de construire le futur métro automatique autour de la capitale.

Une enquête a été ouverte après un signalement de la Cour des comptes pointant du doigt des dérapages financiers et des suspicions de favoritisme concernant le chantier pharaonique du supermétro du Grand Paris Express. Cette enquête préliminaire a été lancée par le parquet national financier (PNF), a précisé une source proche du dossier confirmant sans plus de détails une information de l'hebdomadaire Marianne .

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Dans un rapport rendu public le 17 janvier 2018, la Cour des comptes avait dressé un diagnostic sévère sur les finances de la Société du Grand Paris (SGP), l'établissement public chargé en premier lieu de construire le futur métro automatique autour de la capitale. Chiffré à 19 milliards d'euros lors du débat public en 2010, le supermétro de quelque 200 km était déjà évalué à 22,63 milliards lorsque le projet a été affiné en 2013. Au final, le coût total du Grand Paris Express serait de 38,48 milliards d'euros, en incluant les «contributions financières» de la SGP à d'autres projets franciliens de transport, selon la Cour des comptes. «Les coûts prévisionnels (...) n'ont cessé de dériver», ont résumé à l'époque dans ce rapport les gendarmes des deniers publics, en soulignant aussi que des «règles de procédures» ont «parfois (été) contournées» dans l'attribution de marchés conséquents. «Ponctuellement, la Cour a identifié des marchés pour lesquels les procédures et les grands principes de mise en concurrence n'avaient pas été respectés», peut-on lire dans ce rapport.

L'association anticorruption Anticor avait saisi la justice le 12 juin 2018 qui n'avait pas donné suite à sa demande d'ouverture d'enquête, dans l'attente d'«éventuels éléments complémentaires» et d'un signalement de la Cour des comptes, selon les extraits d'un courrier du parquet national financier (PNF) publié sur le site d'Anticor. Anticor avait par la suite écrit le 15 novembre 2018 à la Cour des comptes pour lui demander de transmettre un signalement au PNF. «Nous sommes très satisfaits que cette enquête soit ouverte sur cette affaire hors-norme qui porte sur un budget total de plus de 38 millions d'euros dont 13 millions (d'euros) de dérapages et avec 164 marchés publics passés sans aucune mise en concurrence», a réagi auprès de l'AFP le président d'Anticor, Jean-Christophe Picard.