Minecraft cuenta con dos dimensiones alternas además del mundo -el principal Nether y el fin. El Nether es una dimensión infernal como se accede a través de portales jugador incorporado que contiene muchos recursos únicos y se pueden utilizar para viajar grandes distancias en el supramundo. El fin es una tierra estéril en el que un dragón jefe llama el dragón Ender mora. Matando al dragón Tacos de créditos de la conclusión del juego, escrito por el autor irlandés Julian Gough. Los jugadores se dejan para teletransportarse de nuevo a su punto de aparición original en el supramundo, y recibirán «The End» logro. También hay un segundo jefe llamado «El Wither», que tras la derrota deja caer un material específico necesario para construir un faro ubicable que puede mejorar ciertas capacidades de todos los jugadores cercanos.

El juego se compone principalmente de cuatro modos de juego: la supervivencia, creativo, aventura, y el espectador. También dispone de un sistema de dificultad cambiante de cuatro niveles; la dificultad más fácil (pacífica) elimina las criaturas hostiles que se generan.

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