Il y a deux billets que j’ai bien aimé sur le blog « Philosophie des sciences » : Les électrons existent-ils ? (1/2) Réalisme et sous-détermination et Les électrons existent-ils ? (2/2) Changements théoriques et réalisme structural. Après avoir signalé sur Twitter que j’aimais ces billets, l’auteur m’a répondu :

@marc_rr merci pour le lien! faudra que je fasse quelque chose sur la biologie un jour… — Quentin Ruyant (@q_ruy) May 2, 2014

Et c’est vrai que ces billets, comme beaucoup de la philosophie des sciences « classique », s’appuient beaucoup voire exclusivement sur des exemples empruntés à la physique. Or ceci n’est pas juste une question d’exemples, mais cela influence les questions posées. Pour Kuhn ou Popper (voir ce billet) et beaucoup d’autres les questions posées par « la science » à « la philosophie » sont les questions posées par la physique. J’admet que la physique de la première moitié du 20ème siècle soit un objet de fascination intense, mais la biologie depuis le milieu du 20ème (en gros, ADN et synthèse néo-Darwiniste) dépote sérieusement, et pose des questions différentes.

Donc en réaction à ce petit échange Twitter, voici quelques philosophes dont je trouve l’apport positif. A savoir qu’ils ont éclairci des points pertinents à mon travail.

Le plus grand à mon avis : Eliott Sober. Il a écrit de nombreux excellent articles et livres, et je suis tombé sur lui la première fois en cherchant sur internet si d’autres que moi avaient pensé que l’Intelligent Design (créationisme relooké) était essentiellement un problème de probabilités conditionnelles (bien sur que d’autres y avaient pensé, dont Sober). Bref, Sober a beaucoup écrit (et pensé) sur les questions philosophiques posées par l’évolution. Je recommande en particulier un livre : Evidence and Evolution: The Logic Behind the Science. En quelques chapitres ultra clairs il explique quelles types d’évidence on peut utiliser dans une science de type historique comme l’évolution, ce que l’on peut savoir et avec quelle confiance, et montre en passant où les créationistes se trompent. C’est grâce à ce livre que j’ai pour la première fois vraiment compris la différence entre approches fréquentiste, vraisemblance et bayesienne des statistiques. Parmi ses nombreuses contributions, j’avais bien aimé aussi la discussion avec un mathématicien appliqué à la biologie sur le fait de pouvoir tester l’hypothèse d’un ancêtre commun à tout le vivant (Sober & Steel 2002).

Deux autres philosophes que j’apprécie pour un livre en particulier chacun :

Samir Okasha, pour son livre « Evolution and the Levels of Selection », où il illustre brillamment que les philosophes peuvent être utiles aux scientifiques (pas qu’ils aient une obligation envers nous hein). La querelle sur la possibilité et l’efficacité potentielle de la sélection naturelle à différents niveaux d’organisation a été compliquée par une confusion effroyable sur la terminologie, des questions mal posées, et des erreurs de logique cachées dans des raisonnements compliqués. Par niveaux d’organisation, on entend : la sélection naturelle peut-elle agir siur la population ou l’espèce, ou seulement sur l’individu ou le gène (même entre ceux-là il y a parfois des débats confus) ? Okasha clarifie tout cela magistralement, et montre sous quelles conditions de la sélection apparemment de groupe est vraisemblable, et ce que cela veut réellement dire.

Et Ron Amundson pour The Changing Role of the Embryo in Evolutionary Thought: Roots of Evo-Devo. Bien qu’il soit un philosophe, il fait ici un travail d’historien, en faisant un historique de la tension entre deux approches de la biologie évolutive : l’approche structuraliste et l’approche fonctionaliste. Les deux ont leur origine dans l’étude de la diversité des espèces bien avant Darwin. L’approche structuraliste est issue de la morphologie comparée et de l’étude du développement, très importante au 19ème surtout en France et en Allemagne (par exemple Haeckel), et a été largement éclipsée lors du triomphe du néo-Darwinisme anglo-américain du milieu du 20ème. Elle veut savoir pourquoi et comment il y a des formes différentes. L’approche fonctionaliste est historiquement surtout anglaise, et Darwin puis le néo-Darwinisme de la génétique des populations sont fonctionalistes. Elle veut savoir pourquoi les choses sont adaptées, pourquoi elles marchent si bien. L’un demande pourquoi les tétrapodes ont tous 4 pattes et les insectes 6, l’autre demande comment des tétrapodes peuvent les uns voler, les autres nager. Le structuralisme est revenu à la mode à partir des années 1990 avec l’Evo-Devo, étude des mécanismes génétiques et moléculaires sous-tenant les similarités et différences anatomiques entre espèces. Amundson pense que ces deux approches ne peuvent être conciliées parce qu’elles posent des questions différentes. C’est la première référence bibliographique du projet de financement que j’ai écrit en septembre dernier (et qui a été financé, merci). Sauf que j’argue qu’Amundson a tort, et que la génomique permet de réconcilier les deux approches. A développer un de ces quatre sur le blog.

A noter un point commun de Sober et Okasha : ils n’ont pas peur des équations. Pas seulement de les montrer, mais de les démonter, de les comprendre vraiment avec leurs implications et leur pouvoir clarificateur. Et tous les trois avec Amundson n’ont pas peur d’aller dans le détail de la science qu’ils veulent comprendre, et le cas échéant de montrer des erreurs des biologistes de manière justifiée.

A noter aussi que même si j’ai mis en avant Amundson et Okasha pour un livre chacun, ils ont de nombreuses autres contributions, et Okasha notamment est considéré comme un interlocuteur important en biologie théorique. A noter aussi de Okasha un petit livre sympa : Philosophy of Science: A Very Short Introduction. Il écrit moins bien que Sober mais c’est pas un nul.

Il faut finalement que je mentionne Michael Ruse, l’un des philosophes de la biologie les plus connus (le plus connu ?). Il est très Darwinien, et descend en flèche de manière que je trouve injustifiée tous ceux qui osent critiquer l’orthodoxie néo-Darwinienne à la Dawkins. Il écrit super bien, mais je trouve qu’il manque de rigueur, et donc je n’aime pas.

Voilà, un peu de lecture pour vos longues soirées de printemps, et des idées de billets de blog pour le jour improbable où j’aurais le temps de développer chacun de ces points. Haha.