Dix ans après sa mise en branle, la grande banque d’échantillons de sang et de données sur la santé et les habitudes de vie des Québécois, CARTaGENE, est sous-utilisée par les chercheurs. Car l’équipe peine à trouver le financement nécessaire pour réaliser l’ultime étape qui rendrait cette biobanque vraiment utile pour la recherche : le séquençage du génome des milliers de participants.

Pour inciter les chercheurs à utiliser la banque CARTaGENE, Génome Québec avait rendu disponible en 2011 une somme de 3 500 000 $, destinée à augmenter le budget alloué aux chercheurs qui l’utiliseraient. « Malheureusement, il y a eu peu de propositions de projets, et seulement 350 000 $ ont été utilisés. On a été obligés de retourner 3 150 000 $ au gouvernement du Québec », souligne Daniel Coderre, président-directeur général de Génome Québec, l’organisme qui finance les projets de recherche en génomique.

« Le fait que les chercheurs ont peu recours à CARTaGENE s’explique en partie parce qu’ils doivent payer eux-mêmes le séquençage du génome. Ça nous désole de voir que cette banque, qui a un grand potentiel, est sous-utilisée. Il faudrait séquencer, mais c’est très coûteux. »

Le séquençage du génome complet d’un individu coûte environ 1200 $, mais il faut ensuite analyser cette suite de lettres, ce qui hausse le coût à 3000 $ par participant. Le séquençage du génome de 10 000 à 12 000 participants s’élèverait donc à une somme allant de 30 millions à 36 millions de dollars. Or, CARTaGENE reçoit présentement 580 000 $ par an — soit 300 000 $ directement à CARTaGENE et 280 000 $ à la biobanque de Chicoutimi, où sont entreposés les échantillons de sang — en financement provincial par l’entremise de Génome Québec et environ 800 000 $ de l’Alliance canadienne pour la recherche sur le cancer (ACRC), un organisme indépendant financé par le gouvernement fédéral.

« Notre mandat consiste d’abord à recruter des participants et à les suivre régulièrement pour voir l’évolution de leur état de santé au cours du temps. Pour ce faire, il nous faut donc les recontacter de façon régulière. CARTaGENE a été mis sur pied initialement pour une période de 50 ans », précise Alexandra Obadia, directrice générale de CARTaGENE. « Notre second mandat est d’offrir à la communauté des chercheurs toutes les données et les échantillons que nous avons collectés pour accélérer la recherche et en réduire les coûts. »

« Nous aimerions séquencer une partie de notre cohorte et procéder à l’analyse génétique de nos participants, comme ce qui se fait dans toutes les grandes biobanques populationnelles, car cette procédure fournit des informations génétiques qui intéressent particulièrement les chercheurs. Mais cela requiert un financement important, et le financement reste un défi pour nous. Il est difficile de faire comprendre aux organismes subventionnaires l’importance ne serait-ce que de se mettre au niveau des autres biobanques à travers le monde qui ont au moins génotypé leurs échantillons », souligne Mme Obadia.

L’équipe de CARTaGENE a tout de même commencé à effectuer le génotypage d’un certain nombre de participants. Le génotypage permet à moindre coût de séquencer uniquement des gènes déjà connus comme étant associés à certaines maladies. « Depuis que nous avons commencé à génotyper des échantillons, nos demandes d’accès [par les scientifiques] ont monté en flèche », affirme Mme Obadia.

Informations précieuses

« La grande valeur de CARTaGENE réside dans l’interface entre le génome séquencé et les données phénotypiques [sur l’état de santé des participants] qui sont d’une grande richesse », souligne Daniel Coderre. La plate-forme CARTaGENE devrait ainsi permettre de mettre en lumière les interactions entre le génome d’une personne et son alimentation, son mode de vie et son environnement, qui sont cruciales dans l’apparition de maladies telles que le cancer.

Martin Godbout, président du conseil d’administration de Génome Québec, considère qu’« il est essentiel d’effectuer le séquençage d’au moins 10 000 échantillons pour constituer une base de référence. CARTaGENE est un projet de société, un projet que toute société industrielle se disant innovante doit porter », dit-il.

« Le séquençage est une démarche qui permettrait de rentabiliser l’investissement qui a été fait au départ », ajoute M. Coderre avant de rappeler que Génome Canada et Génome Québec ont initialement versé 36 millions de dollars pour la mise sur pied du projet CARTaGENE, dont le recrutement des 20 000 premiers participants.

Projet pancanadien

Depuis la fin de 2009, CARTaGENE s’est associé au Projet de partenariat canadien Espoir pour demain, qui comprend cinq cohortes (celle du Québec, de l’Ontario, de l’Alberta, de la Colombie-Britannique et des provinces de l’Atlantique), pour un total de 300 000 participants et 150 000 échantillons de sang.

En tant que membre de ce consortium, CARTaGENE a pu recevoir l’appui de l’Alliance canadienne pour la recherche sur le cancer (ACRC), qui a permis à CARTaGENE de procéder au recrutement de nouveaux participants — CARTaGENE compte désormais 43 000 participants — et de recontacter les participants précédents pour obtenir de nouvelles informations sur les environnements où ils avaient habité et travaillé, sur leur alimentation, ainsi que pour les soumettre à un examen complet par la technique d’imagerie par résonance magnétique (IRM) et recueillir un second échantillon de sang.

Céline Moore, directrice du Projet de partenariat canadien Espoir pour demain, affirme que CARTaGENE peut espérer recevoir dans les années à venir le même financement qu’elle a reçu de l’ACRC depuis 2008. « Nous n’abandonnons pas le projet, nous continuons de le soutenir, mais, à compter de l’année prochaine, ce sera selon un nouveau modèle. Nous transférerons le contrôle, les opérations et la stratégie scientifique à un nouvel organisme, qui aura pour mandat de maintenir et de soutenir les six cohortes canadiennes. Je ne peux faire de promesse au nom du nouvel organisme, mais nous effectuons cette transition afin que le projet survive et grandisse », a affirmé Mme Moore au Devoir.

« Il faut que les cohortes de CARTaGENE servent à la recherche, car c’est la raison d’être de CARTaGENE », lance le p.-d.g. de Génome Québec, qui concède néanmoins « ne pas disposer du jour au lendemain de l’argent nécessaire pour séquencer la cohorte CARTaGENE ».