Kuratoorium valis 61-aastase Aaviksoo rektoriks häältega 8:3. Kuratooriumi esimees Sandor Liive ütles Postimehele, et otsuse langetamine tuli raskelt. Lõppvoorus hääletati kahe kandidaadi üle, kuid kes viimases voorus Aaviksoo vastaskandidaat oli, ei soostunud Liive avaldama. Küll aga ütles ta, et tema hääl läks just Aaviksoole.

«Jaak Aaviksoo kasuks kindlasti rääkis see, et tal on pikaajaline haridusvaldkonna juhtimise kogemus. Kui me vaatame tehnikaülikooli, siis üliõpilasi ja töötajaid on kokku 15 000 - tegemist on väga-väga suure organisatsiooniga. Rektor on selle organisatsiooni juht. Jaak Aaviksoo on kaks korda valitud Tartu Ülikooli rektoriks, ta on olnud haridusminister, nii et kindlasti tal on laiem ja suurem vaade haridusmaastikule Eestis kui ka rahvusvaheliselt,» rääkis Liive.

2006. aasta septembrist Isamaa ja Res Publica Liitu (IRL) kuuluv Aaviksoo ütles pressikonverentsil, et esitab täna avalduse erakonnast välja astumiseks. Samuti peab ta rektoriks saades lahkuma riigikogust.

Aaviksoo tänas pressikonverentsil kuratooriumit talle antud usalduse eest. «Mul on hea meel sellepärast, et ma usun, et kuratooriumi otsus annab mulle võimaluse oma 40-aastase teadustöö, ülikooli juhtimise ja hariduspoliitika nii Eesti kui rahvusvahelisel tasemel ära kasutada, selleks, et anda tehnikaülikoolile uus arenguimpulss,» sõnas ta.

Vastuseks neile, kes on öelnud, et ei taha Aaviksood rektoriks vastas ta: «mina teid küll tahan». Ühtlasi avaldas ta arvamust, et kriitika tuleb kokkuvõttes talle kasuks.

Aaviksoo kandideeris kevadistel riigikogu valimistel Jõgeva- ja Tartumaal, kus kogus IRLi nimekirjas 1405 häält ning sai kompensatsioonimandaadi. Tema asemel pääseb riigikokku kunagine regionaalminister Siim Kiisler, keda toetas Tallinna Mustamäe ja Nõmme linnaosas 556 valijat.

Rektorikohale kandideerisid akadeemikud Jaak Aaviksoo, Jakob Kübarsepp ja Mart Ustav ning professor Andrus Salupere.

11-liikmeline kuratoorium valis rektori salajasel hääletusel vähemalt kahekolmandikulise häälteenamusega. Kuratoorium on TTÜ juhtorgan, kus on esindatud nii ülikooli kui ühiskondlik vaatenurk. Kuratooriumisse kuulub viis ülikooli esindajat, üks Teaduste Akadeemia esindaja ja viis valitsuse määratud ettevõtlustaustaga liiget.

Kuratoorium kinnitab uue rektori ametisse 22. juuniks, kui TTÜ nõukogu kuu aja jooksul oma seadusejärgset vetoõigust ei kasuta. 41-liikmeline nõukogu koosneb TTÜ õppejõududest, töötajatest ja üliõpilastest. TTÜ uus rektor astub viieks aastaks ametisse 1. septembril.

Jaak Aaviksoo oli aastatel 1998-2007 Tartu Ülikooli rektor.

1995. aasta novembrist kuni 1996. aasta jaanuarini oli Jaak Aaviksoo Tiit Vähi kolmandas valitsuses kultuuri- ja haridusminister ning pärast kultuuri- ja haridusministeeriumite lahutamist 1996. aasta jaanuarist kuni 1996. aasta novembrini haridusminister. 5. aprillist 2007 kuni 6. aprillini 2011 oli ta Andrus Ansipi teises valitsuses kaitseminister ning 6. aprillist 2011 kuni 26. märtsini 2014 Andrus Ansipi kolmandas valitsuses haridus- ja teadusminister.