最大の争点となったのは、複数のマウスの脳の画像データから、池田教授が都合のいい画像データを選び出した事実があったかどうかだ。

これについて、裁判所は、証言者のA氏だけでなく、A氏から画像データを受け取り加工して池田氏に渡した信州大医学部教授の塩沢丹里氏、そして池田氏本人への確認取材が不十分だったことを認定。

「本件マウス実験に関して、原告が（研究分担者の）塩沢教授から入手したスライドは、A氏作成スライドに塩沢教授が手を加えた塩沢教授作成スライド1枚のみであったから、原告の手元に、子宮頸がんワクチン以外のワクチンでも強く緑色に染まった画像が何枚もあったという事実も認めることはできない」

「原告が、その中から自分に都合の良いように、子宮頸がんワクチンでよく光っている写真と他のワクチンで光っていない写真が組み合わさったスライドだけを選び出したという事実も認めることができない」

「画像が何枚もある中から、自分の仮説に都合の良い本件スライドだけを公表して、チャンピオンデータで議論をしているという事実を認めることはできない」

と判断した。

男澤裁判長は、「ねつ造であるという、研究者にとって致命的とも言える研究不正の存在を告発する趣旨の記事を公表するのであれば、その記事が原告に与える影響の重大さに鑑みて、（証言者である）A氏の発言を鵜呑みにするのではなく、より慎重に裏付け取材を行う必要があった」などとして取材の不十分さを指摘した。

池田氏「研究者にとって、捏造という言葉は致命的」

判決後の記者会見で、池田氏は表情を変えないまま、「私が従来から言い、裁判で述べたことを的確に裁判長は捉えてくれて、判決に反映させてくれている」と評価した。

そして、「研究者にとって、捏造という言葉は致命的。捏造とつけられちゃうと私自身が学会でも何か言える立場ではなくなる」と報道の影響を述べた。

また、池田氏が研究成果の報告会で、HPVワクチンがマウスの脳に影響を与える結果が出たかのように誤解を招く発表をしていた件については、こう弁解した。

「私はマウスにどうのこうのということを言った覚えはない。患者をあの時点まで120人ぐらい見ている中で、患者の一部に脳の高次機能障害が出ているということがあるので、患者さんたちは学校に行けないのだと述べたかった」

「そういうことを解明する一つの手段としてマウスモデルという研究が開始されたと言ったつもりだった。このマウスでそのことが全て説明できるという状況ではありませんでした」

村中氏は、池田氏が出演したTBSの番組で報告会と同じ日に、このマウス実験でHPVワクチンが脳に障害を起こすことが明らかになったかのように報道されたことを記事の根拠の一つにしているが、この番組に対しては、「名誉毀損ではない」として抗議や内容の訂正の申し入れもしていないと答えた。

この研究については、厚労省が「池田氏の不適切な発表により、国民に対して誤解を招く事態となった」と異例の見解を公表する事態となったが、当初の予定通り、2018年度末までこの池田班の研究は続行された。

さらに今年度から3年間、池田氏が主任研究者として行う「HPVワクチン接種後に生じた症状に対する診療体制の整備のための研究」が、厚労省に新たに認められたことも明らかにした。

「判決の内容とHPVワクチンの安全性は関係ない」

一方、村中氏側の代理人弁護士や裁判を支援していた「守れる命を守る会」も判決後に記者会見を開いた。