Skolan startade 2003 och redan 2005 granskades stiftelsen Al-Risalah som driver Alsalam och det finansiella stöd de får från islamiska organisationer i Saudiarabien.



2006 kritiserades skolan för sin dåliga ekonomi och bristande utbildning i ämnena musik och sex och samlevnad. Bland annat fick eleverna inte lyssna på modern musik och lärarna fick inte använda instrument. 2007 kom beslutet om att skolan fick godkänt efter att de visat att de åtgärdat problemen.



Ett halvår senare riktade Jan Björklund kritik mot skolan och sa i en debatt att skolan tar emot pengar från extremistiska organisationer. Informationen tillbakavisades av skolan och det var oklart var Björklund plockat informationen från.



Någon månad senare, i november 2007, kritiserades skolan återigen. Den här gången gällde kritiken brister i skolans likabehandlingsplan.



2011 granskades skolan av Uppdrag granskning efter att stiftelsen som driver skolan, Al-Risalah Skandinaviska Stiftelse, velat bygga en moské i norska Tromsö. När dåvarande ordförande Hussein Aldaoudi intervjuas uttrycker han kontroversiella åsikter om homosexuella och säger att riktiga muslimer inte kan vara homosexuella.



Händelsen ledde till att RFSL, Riksförbundet för homosexuellas, bisexuellas, transpersoners och queeras rättigheter, anmälde skolan till Skolinspektionen.



En morgon 2016 möttes elever och personal på skolan av uppsatta band med Nazistiska motståndsrörelsens Nordfronts logga på. Även Tullängsskolan och Migrationsverkets lokaler i Örebro utsattes. Nazistiska Nordfront erkände att det var deras medlemmar som satt upp banden och en polisutredning påbörjades.



Samma år stod det klart att den terrorhäktade svensken Osama Krayem mottagit lön från Al-Risalah stiftelsen, samma stiftelse som står bakom skolan. Stiftelsen frånsade sig all koppling till mannen och sa att han varit anställd som byggarbetare för deras räkning 2013, men att det i övrigt inte fanns någon kontakt.



I april 2016 började det brinna i en del av skolan som höll på att byggas. Polisen misstänkte att någon startat branden genom att hälla ut tändbar vätska och tänt på. En anmälan om mordbrand upprättades.



Våren 2017 riktades skarp kritik från Skolinspektionen mot skolan. Stiftelsen fick fyra månader på sig att komma till rätta med verksamheten och fick vitesföreläggande på 500.000 kronor. Kritiken var allvarlig och bestod av runt 30 olika punkter. Då sa rektorn Shahin Mahmod att de utan problem skulle hinna åtgärda bristerna.



Under hösten återvände Skolinspektionen för en ny tillsyn och konstaterade att flera allvarliga brister kvarstod. Vitesföreläggandet har därför lämnats över till Förvaltningsrätten för att fatta beslut om. En del brister har dock åtgärdats varför vitessumman ändras till 350.000 för skolan. Samtidigt ska de kvarstående bristerna ha åtgärdats innan april, annars kan nya förelägganden komma.



Skolinspektionen kräver också vite för brister på fritidshemmet som Alsalamskolan driver i anslutning till skolan.



Under sommaren 2017 ville man även entlediga stiftelsens ordförande. Anledningen ska ha varit att han bor i Saudiarabien och har svårt att medverka på styrelsemöten.