Grâce à Alan, (@alanvonlanthen sur Twitter, un des gourous de PodCastScience.fm), je suis tombé sur un article en ligne de la BBC, intitulé « Novel antibiotic class created« . Pour un chimiste, qui aime bien la science des médicaments, cela fait partie des titres les plus alléchants qu’on puisse trouver !!

Une course sans fin…

On décrit souvent la recherche de nouveaux traitements antibiotiques comme une course contre l’apparition de souches bactériennes résistantes. Une course où les humains piétinent, face à des bactéries qui mutent et résistent de mieux en mieux aux médicaments.

Alors qu’il faut sans cesse découvrir de nouveaux antibiotiques pour remplacer les anciens auxquels les bactéries pathogènes se sont adaptées, la recherche est trop lente, trop inefficace.

La faute aux industries pharmaceutiques, qui investissent beaucoup plus dans les maladies chroniques que dans ce domaine, où les traitements sont courts, et définitifs (jusqu’à l’infection suivante bien sûr…). Mais la faute aussi, et surtout aux difficultés inhérentes à la lutte contre les bactéries : il n’y a pas beaucoup de modes d’action possibles. En fait, 5 ont été recensés, (voir schéma suivant), et il ne semble pas y avoir d’autres choix que de les viser. Comme ces cibles sont peu nombreuses, il y a de grande chance, lorsqu’on trouve une nouvelle molécule, qu’elle ne soit pas efficace contre des souches déjà résistantes aux autres antibiotiques. On a alors un traitement qui ne sert… à rien (ou éventuellement à diminuer les effets secondaires, parfois…).

Ainsi, l’arrivée sur le marché d’un nouvel antibiotique est rare :

– En 2013 est arrivé un nouveau médicament contre la tuberculose résistante aux autres traitements. On l’attendait depuis… quarante ans.

– La dernière famille d’antibiotique découverte est celles des oxazolidinones, et la sortie de son principal représentant, le linézolide, date de 2002. C’était la première nouvelle famille depuis plus de 30 ans… (Dès 2005, des résistances ont été signalées (source)…)

Un travail majeur… Mais pas de nouvelles classes d’antibiotiques !

Le billet de la BBC s’inspire de l’article paru dans Nature Biotechnology, en septembre. Hélas, pour le chimiste amateur de belles molécules que je suis, il ne s’agit pas du tout d’une nouvelle classe d’antibiotique. En fait, il ne s’agit pas d’une chimiothérapie antibactérienne, mais bien d’un travail de biotechnologie. Très habile d’ailleurs.

L’idée des chercheurs est d’avoir utiliser des bactériophages comme vecteur de leur arme antibactérienne. Les bactériophages, ce sont tout simplement des virus infectant les bactéries, en leur injectant leur patrimoine génétique, ce qui permet, comme pour les virus chez les autres êtres vivants, de se répliquer grâce à la machinerie enzymatique de leur hôte. Ici, les bactériophages ont été modifiés génétiquement, pour injecter aussi un gène qui va permettre la production, par la bactérie, d’une arme à la fois très efficace et très sélective, appelée RGN (pour RNA-guided-nuclease). Ces RGNs sont des nucléases, c’est-à-dire des protéines qui découpent l’ADN, qui doivent reconnaître une séquence génétique spécifique avant de provoquer des coupures dans l’ADN, et ainsi causer la mort de la bactérie.

Ces séquences génétiques peuvent être spécifique de la bactérie pathogène, ou, mieux encore, de certains gènes qui confèrent des résistances, ou des virulences particulières aux bactéries. En effet, rien ne sert de neutraliser TOUTES les bactéries : celles qui ne présentent pas de résistances pourront être traitées efficacement par les antibiotiques existant, et celles qui ne sont pas virulentes pourront être laissées tranquille. Il ne faut pas oublier que nous hébergeons plus de bactéries dans notre corps que nous possédons de cellules ! Les fameuses Escherichia Coli peuplent notre intestin sans poser de problème en temps normal. De nombreuses souches non pathogènes, et même bénéfiques sont présentes sur notre peau, dans notre vagin, dans notre bouche, et l’utilisation massive d’antibiotiques affaiblit ces flores, causant parfois effets secondaires pénibles. Ce nouveau type de traitement a donc une sélectivité particulièrement intéressante. L’autre intérêt majeur réside en la versatilité d’une telle technique : en modifiant le bactériophage, on peut l’adapter à différents gènes : sitôt qu’un gène de résistance est identifié, on peut construire l’arme qui anéantira les bactéries qui le porte.

Il reste tout de même que les bactéries pourraient devenir résistantes… aux phages eux-mêmes ! Cela signifie que si cette technique, totalement novatrice, est intéressante, elle ne représente pas une victoire définitive dans la course. Tout juste une corde supplémentaire à l’arc des médecins. Mais c’est déjà pas si mal !!

« Sequence-specific antimicrobials using efficiently delivered RNA-guided nucleases » R.J. Citorik et al. Nature Biotechnology 2014

Et le très bon -sauf le titre- article de BBC News : http://www.bbc.com/news/health-29306807