26 października 2018 roku Wojskowy Sąd Okręgowy wydał Europejski Nakaz Aresztowania. Z takim wnioskiem wystąpił do sądu pion śledczy IPN, który prowadzi postępowanie w sprawie zbrodni sądowych popełnionych przez tego byłego stalinowskiego sędziego. Wcześniej, bo już 14 sierpnia Wojskowy Sąd Garnizonowy na wniosek prokuratora IPN zdecydował o jego aresztowaniu na okres trzech miesięcy od momentu zatrzymania.

W uzasadnieniu tej decyzji sąd argumentował, że zebrany w śledztwie IPN materiał dowodowy wskazuje na duże prawdopodobieństwo, iż podejrzany dopuścił się popełnienia zarzucanych mu czynów, za które grozi mu surowa kara. Sąd podniósł także, że "podejrzany ewidentnie wykorzystuje fakt zamieszkiwania poza granicami kraju do utrudniania prowadzonego przeciwko niemu śledztwa, skutkiem czego konieczne jest zastosowanie wobec niego tegoż izolacyjnego środka". Jak informuje prokurator IPN w 2008 roku Stefan Michnik przestał odbierać kierowaną do niego korespondencję. W związku z tym, że Stefan Michnik przebywa w Szwecji został wydany Europejski Nakaz Aresztowania, który właśnie został przekazany władzom tego kraju.

Michnik przewodniczył składowi sędziowskiemu Wojskowego Sądu Rejonowego w Warszawie, który 5 stycznia 1953 r. skazał na karę śmierci działacza organizacji niepodległościowej Kraj, 3 marca 1953 r. skazał zaś na karę śmierci kuriera II Korpusu gen. Władysława Andersa, na karę śmierci skazał również innego oskarżonego o udział w Związku Walki Zbrojnej, Armii Krajowej i Zrzeszeniu Wolność i Niezawisłość. Zarzuty stawiane Michnikowi dotyczą także wielokrotnego bezprawnego pozbawienia wolności osób pozostających w opozycji do ówczesnych władz. Chodzi m.in. o członków PSL, konspiracyjnych organizacji Kraj, Ruch Uniwersalistów.