Em 2017, o Conselho Nacional do Ministério Público (CNMP) afastou Nepomuceno da promotoria ao julgar procedentes reclamações disciplinares movidas por desafetos do promotor, incluindo o senador Zezé Perrella (MDB), antigo aliado de Aécio e alvo de cinco inquéritos no Patrimônio Público. Entretanto, em abril deste ano, a juíza Vânila Cardoso André de Moraes, da 18ª Vara do Tribunal Regional Federal da Primeira Região (TRF-1), determinou que Nepomuceno voltasse a ocupar o cargo, por não ter identificado “atuação desidiosa, usurpadora ou negligente” no trabalho do promotor e considerado desproporcional a punição estabelecida pelo CNMP.

Toffoli, por sua vez, sustentou que o afastamento de Eduardo Nepomuceno pelo Conselho está baseado no suposto descumprimento de deveres no MP. Tanto a Associação Mineira do Ministério Público (AMMP) quanto colegas do promotor, que chegaram a divulgar uma moção de apoio pela sua permanência à frente do Patrimônio Público, qualificam a punição como “injusta e descabida”.

Desde que reassumiu o cargo, no fim de junho, Nepomuceno tentava retomar aos poucos os casos de políticos investigados. Decidiu pelo desarquivamento do inquérito contra Aécio por entender que os grampos telefônicos da Polícia Federal, em que Frederico Pacheco, primo do candidato tucano, é flagrado pedindo ajuda para abrir o portão do aeroporto em Cláudio configura um “fato novo” no processo. As gravações foram divulgadas em abril de 2017, mas, na época, com o promotor afastado, o MPMG não se manifestou.

Em nota, a defesa de Aécio contestou a reabertura das investigações e prometeu queixas formais contra a atuação de Nepomuceno: “Em razão de mais essa arbitrariedade, o senador Aécio Neves tomará as providências necessárias para levar tais fatos ao conhecimento dos órgãos responsáveis do Ministério Público, alertando para o uso político da instituição por parte de um de seus membros.”