Une nouvelle classe d’antibiotiques capables d’anéantir plusieurs bactéries résistantes aux antibiotiques courants, dont le redoutable SARM, vient d’être mise au jour dans des échantillons de sol. Cette découverte, qui fait l’objet d’un article dans Nature Microbiology, représente une nouvelle arme permettant de faire face au problème croissant des infections résistantes aux antibiotiques.

Selon François Malouin, chercheur au Centre d’étude et de valorisation de la diversité microbienne (CEVDM) de l’Université de Sherbrooke, la véritable découverte est toutefois l’originalité de l’approche qu’ont utilisée les chercheurs pour trouver cette nouvelle classe d’antibiotiques.

« Les antibiotiques courants proviennent majoritairement du sol, plus précisément des bactéries et des champignons qui produisent des antibiotiques pour se défendre et limiter la croissance des autres bactéries et champignons présents dans le sol afin de mieux profiter des ressources environnantes », souligne le professeur Malouin. Il ajoute que le sol regorge encore d’antibiotiques potentiellement utiles, mais qui ne sont pas encore connus, car « on ne parvient pas à cultiver en laboratoire une grande partie des bactéries du sol parce qu’elles dépendent les unes des autres et qu’elles ont besoin de nutriments spécifiques qu’on ne connaît pas ».

Pour contourner ce problème, les chercheurs de la Rockefeller University de New York et de la Rutgers University de Newark au New Jersey ont isolé de près de 2000 échantillons de sol prélevés à travers les États-Unis des fragments d’ADN appartenant à des micro-organismes producteurs d’antibiotiques. Ils ont ensuite séquencé ces fragments et cherché au sein de ces séquences des motifs que possèdent habituellement les gènes responsables de la synthèse d’antibiotiques. Ils se sont concentrés sur des motifs particuliers qui ne s’expriment qu’en présence de calcium, « ce qui représentait une sous-catégorie de gènes de synthèse d’antibiotiques qui est utile en clinique et qui est très rare », explique M. Malouin.

Ils ont ensuite produit des copies de ces séquences d’ADN particulières et les ont introduites dans des bactéries que l’on peut cultiver en laboratoire. Ces bactéries ont alors produit des antibiotiques qu’ils ont recueillis et dont ils ont vérifié l’aptitude à tuer des bactéries délétères qui étaient devenues résistantes aux antibiotiques courants.

Puissante activité antibactérienne

Ces antibiotiques, qu’ils ont nommés malacidines (metagenomic acidic lipopeptide antibiotic-cidins), ont alors démontré une puissante activité antibactérienne contre des pathogènes résistants aux antibiotiques utilisés en clinique, y compris l’antibiotique de dernier recours vancomycine. Ils parvenaient même à éliminer définitivement le fameux Staphylococcus Aureus résistant à la méthicilline (SARM) présent dans des blessures cutanées chez l’animal.

Les chercheurs ont également exposé la souche Staphylococcus Aureus à des malacidines pendant 20 jours d’affilée sans que cette dernière développe de résistance. « C’est là un signe qu’il sera plus difficile de développer une résistance à ces antibiotiques », affirme M. Malouin.

Les chercheurs américains se sont aussi rendu compte que les malacidines n’agissaient pas exactement de la même façon que deux autres antibiotiques (la daptomycine et la friulimicine) ayant eux aussi besoin de calcium pour agir. Ils ont identifié la cible exacte que visent ces nouveaux antibiotiques, soit le peptidoglycane, un composé qui contribue à la rigidité de la paroi des bactéries. Selon M. Malouin, les malacidines visent une bonne cible, soit la synthèse de la paroi des bactéries, et par un nouveau mécanisme, ce qui représente un autre bon point.

Ce n’est toutefois pas demain que les malacidines pourront être utilisés en clinique.

Il faudra les purifier, les transformer en composés utilisables chez l’humain, puis vérifier s’ils sont toxiques et voir comment ils se comportent dans le corps humain et comment ils sont excrétés. Tout cela peut prendre de cinq à dix ans.

Et il ne faut pas oublier que, malheureusement, des bactéries réussiront sûrement à développer une résistance contre ces antibiotiques. Les bactéries mettront peut-être plus de temps à y arriver, mais elles y parviendront inévitablement un jour.

Mais cette étude a toutefois le mérite d’avoir mis au point une nouvelle méthode — génomique —, qui devrait faciliter la découverte de nouveaux antibiotiques présents dans la nature et vivifiera ainsi notre combat contre la résistance aux antibiotiques.