These are the top 1,000 skins used in Minecraft. It is probably already out of date. These only count absolute identical skins, so two variants of batman are not batman.

# Users Skin 1 25161 2 4054 3 3806 4 3787 5 3398 6 3336 7 3170 8 3024 9 2731 10 2708 11 2668 12 2477 13 2424 14 2212 15 2186 16 2167 17 2033 18 1980 19 1960 20 1853 21 1775 22 1728 23 1708 24 1630 25 1626 26 1611 27 1609 28 1577 29 1546 30 1539 31 1536 32 1524 33 1484 34 1402 35 1294 36 1263 37 1247 38 1220 39 1198 40 1188 41 1188 42 1179 43 1144 44 1143 45 1143 46 1135 47 1127 48 1107 49 1098 50 1096 51 1080 52 1066 53 1059 54 1034 55 1023 56 1020 57 1009 58 995 59 992 60 974 61 960 62 934 63 930 64 930 65 928 66 918 67 917 68 907 69 907 70 882 71 877 72 870 73 865 74 853 75 841 76 838 77 836 78 828 79 826 80 818 81 818 82 816 83 812 84 811 85 809 86 794 87 788 88 781 89 780 90 776 91 774 92 769 93 766 94 738 95 733 96 729 97 723 98 719 99 714 100 713 101 713 102 686 103 686 104 685 105 683 106 680 107 680 108 668 109 667 110 667 111 655 112 651 113 647 114 646 115 641 116 637 117 633 118 629 119 628 120 627 121 627 122 625 123 622 124 621 125 620 126 619 127 619 128 618 129 618 130 617 131 614 132 610 133 603 134 602 135 587 136 580 137 578 138 576 139 575 140 567 141 565 142 562 143 559 144 559 145 557 146 556 147 548 148 547 149 547 150 547 151 544 152 539 153 538 154 536 155 536 156 527 157 524 158 518 159 517 160 515 161 503 162 500 163 491 164 490 165 486 166 485 167 485 168 484 169 478 170 478 171 477 172 476 173 476 174 475 175 474 176 474 177 473 178 467 179 467 180 458 181 457 182 455 183 455 184 452 185 449 186 445 187 435 188 434 189 431 190 430 191 429 192 429 193 427 194 422 195 422 196 421 197 420 198 419 199 417 200 415 201 412 202 412 203 410 204 410 205 409 206 409 207 409 208 406 209 403 210 401 211 397 212 397 213 394 214 394 215 393 216 391 217 387 218 383 219 382 220 382 221 379 222 378 223 377 224 377 225 377 226 374 227 370 228 370 229 369 230 368 231 368 232 368 233 368 234 367 235 366 236 361 237 361 238 358 239 358 240 357 241 357 242 355 243 354 244 354 245 351 246 350 247 349 248 346 249 345 250 345 251 344 252 344 253 342 254 341 255 339 256 334 257 333 258 333 259 332 260 330 261 330 262 329 263 327 264 326 265 326 266 325 267 324 268 324 269 322 270 321 271 320 272 320 273 320 274 319 275 318 276 317 277 315 278 315 279 315 280 314 281 313 282 313 283 313 284 312 285 311 286 311 287 309 288 309 289 308 290 308 291 307 292 307 293 304 294 304 295 303 296 301 297 300 298 300 299 298 300 298 301 297 302 297 303 296 304 296 305 295 306 295 307 295 308 294 309 292 310 292 311 291 312 291 313 291 314 290 315 290 316 288 317 287 318 287 319 285 320 285 321 284 322 284 323 284 324 282 325 281 326 279 327 277 328 276 329 274 330 274 331 273 332 271 333 271 334 271 335 271 336 270 337 270 338 270 339 269 340 269 341 268 342 268 343 268 344 267 345 267 346 265 347 265 348 264 349 264 350 264 351 263 352 263 353 262 354 262 355 262 356 262 357 261 358 260 359 259 360 259 361 258 362 257 363 256 364 256 365 256 366 254 367 254 368 254 369 253 370 253 371 251 372 251 373 251 374 250 375 249 376 249 377 248 378 248 379 248 380 248 381 248 382 247 383 246 384 245 385 244 386 243 387 240 388 239 389 237 390 236 391 235 392 235 393 233 394 233 395 233 396 232 397 232 398 231 399 230 400 230 401 226 402 225 403 225 404 225 405 225 406 224 407 223 408 223 409 223 410 222 411 222 412 222 413 222 414 221 415 220 416 220 417 220 418 219 419 218 420 217 421 216 422 216 423 216 424 215 425 215 426 214 427 214 428 214 429 213 430 213 431 213 432 212 433 212 434 212 435 212 436 212 437 211 438 210 439 210 440 210 441 207 442 207 443 206 444 206 445 206 446 205 447 205 448 205 449 204 450 204 451 204 452 204 453 204 454 204 455 203 456 203 457 203 458 203 459 202 460 201 461 201 462 201 463 200 464 200 465 200 466 199 467 199 468 199 469 198 470 197 471 197 472 197 473 197 474 196 475 196 476 196 477 195 478 195 479 195 480 194 481 194 482 193 483 193 484 193 485 193 486 193 487 193 488 192 489 192 490 192 491 191 492 191 493 190 494 190 495 190 496 190 497 189 498 189 499 189 500 189 501 189 502 189 503 188 504 188 505 188 506 188 507 187 508 187 509 187 510 186 511 186 512 186 513 185 514 185 515 185 516 185 517 185 518 185 519 184 520 184 521 184 522 183 523 183 524 183 525 183 526 183 527 183 528 182 529 182 530 182 531 182 532 181 533 181 534 180 535 179 536 179 537 178 538 178 539 178 540 178 541 178 542 177 543 177 544 176 545 176 546 175 547 175 548 175 549 175 550 175 551 175 552 173 553 173 554 173 555 173 556 172 557 172 558 172 559 171 560 171 561 171 562 170 563 170 564 170 565 170 566 170 567 169 568 169 569 168 570 167 571 167 572 167 573 167 574 166 575 166 576 166 577 166 578 166 579 165 580 165 581 165 582 164 583 164 584 164 585 164 586 163 587 163 588 162 589 162 590 162 591 162 592 161 593 161 594 160 595 160 596 160 597 160 598 159 599 159 600 159 601 159 602 159 603 158 604 158 605 158 606 158 607 157 608 157 609 157 610 156 611 156 612 156 613 156 614 156 615 156 616 155 617 155 618 155 619 155 620 155 621 155 622 155 623 154 624 154 625 154 626 154 627 153 628 153 629 153 630 152 631 152 632 152 633 152 634 152 635 152 636 152 637 152 638 151 639 151 640 151 641 151 642 151 643 151 644 150 645 150 646 150 647 149 648 149 649 149 650 149 651 149 652 149 653 149 654 148 655 147 656 147 657 147 658 147 659 147 660 147 661 146 662 146 663 146 664 146 665 146 666 146 667 146 668 146 669 145 670 145 671 145 672 145 673 144 674 144 675 144 676 144 677 144 678 144 679 144 680 144 681 144 682 143 683 143 684 143 685 143 686 142 687 142 688 141 689 141 690 141 691 141 692 141 693 141 694 140 695 140 696 140 697 140 698 139 699 139 700 139 701 139 702 139 703 139 704 139 705 138 706 138 707 138 708 138 709 137 710 137 711 137 712 137 713 136 714 136 715 136 716 136 717 136 718 136 719 136 720 136 721 135 722 135 723 135 724 135 725 134 726 134 727 134 728 134 729 133 730 133 731 133 732 133 733 133 734 133 735 133 736 132 737 132 738 132 739 132 740 132 741 132 742 132 743 132 744 131 745 131 746 131 747 131 748 131 749 131 750 131 751 131 752 131 753 131 754 130 755 130 756 130 757 130 758 130 759 130 760 130 761 130 762 130 763 129 764 129 765 129 766 129 767 128 768 128 769 128 770 128 771 128 772 128 773 127 774 127 775 127 776 127 777 127 778 127 779 127 780 127 781 126 782 126 783 126 784 125 785 125 786 125 787 125 788 125 789 125 790 125 791 125 792 124 793 124 794 124 795 124 796 123 797 123 798 123 799 123 800 123 801 123 802 123 803 123 804 123 805 122 806 122 807 122 808 122 809 122 810 122 811 122 812 122 813 122 814 122 815 122 816 122 817 121 818 121 819 121 820 121 821 121 822 121 823 120 824 120 825 120 826 120 827 120 828 120 829 120 830 119 831 119 832 119 833 119 834 119 835 119 836 119 837 119 838 119 839 119 840 119 841 118 842 118 843 118 844 118 845 118 846 118 847 117 848 117 849 117 850 117 851 117 852 117 853 117 854 117 855 117 856 117 857 116 858 116 859 116 860 116 861 116 862 116 863 116 864 116 865 115 866 115 867 115 868 115 869 115 870 114 871 114 872 114 873 114 874 114 875 114 876 114 877 114 878 113 879 113 880 113 881 113 882 113 883 113 884 113 885 112 886 112 887 112 888 112 889 112 890 112 891 112 892 112 893 112 894 111 895 111 896 111 897 111 898 111 899 111 900 111 901 110 902 110 903 110 904 110 905 110 906 110 907 110 908 110 909 110 910 110 911 110 912 109 913 109 914 109 915 109 916 109 917 109 918 109 919 109 920 109 921 109 922 109 923 109 924 109 925 108 926 108 927 108 928 108 929 108 930 108 931 108 932 108 933 108 934 107 935 107 936 107 937 107 938 107 939 107 940 107 941 107 942 106 943 106 944 106 945 106 946 106 947 106 948 106 949 106 950 106 951 106 952 106 953 105 954 105 955 105 956 105 957 105 958 105 959 105 960 105 961 105 962 105 963 105 964 104 965 104 966 104 967 104 968 104 969 104 970 104 971 103 972 103 973 103 974 103 975 103 976 103 977 103 978 103 979 103 980 103 981 102 982 102 983 102 984 102 985 102 986 102 987 102 988 102 989 102 990 101 991 101 992 101 993 101 994 101 995 101 996 101 997 101 998 101 999 101 1000 101