ウイルス異能力者のプシュキンを追い、トロッコを走らせる敦と芥川。だがそこへ、坑道に地の利がある異能力を持つイワンが襲い掛かる……！ 傷一つで感染し、力を奪うウイルスの脅威。２人は、「死の家の鼠」構成員たちとの攻防にあえぐ。その頃、太宰もまた、１回きりのチャンスに賭け、こちらの手勢を削ぐ数々のおとりの中からフョードルを探していた。果たして、太宰をも恐れる〝魔人〟によって仕組まれた「共喰い」抗争の行方は――!?

武装探偵社とポートマフィアによる喰い合いは続く。今や、ヨコハマの地を守るべく実現された「三刻構想」は、終焉を迎えようとしていた。そんな中、福沢と鴎外は、同じ思いのもと、病床を抜け出すのだった。因縁の地で、２人は若き日のごとく刃を交え――。一方、敦と芥川は、敵のアジトが構えられた古い炭鉱跡に潜ることとなる。太宰は、２人に共闘を指示した。素直に受け入れる芥川に拍子抜けする敦だったが……？

福沢は、己の死に瀕しながらも「ポートマフィアと戦ってはならぬ」と命じる。命令違反となる戦いに参加するか否か？ 自らの推理力を持ってしてもウイルスの異能者を捕まえるのは無理だと判断した乱歩は、社員たちに選択を迫るのだった。国木田と敦は、花袋が黒幕の居場所を掴んでいるかもしれないという万が一の可能性に賭け、彼のアパートへ向かうのだが……。両社の戦いが、ついに火蓋を切る。ウイルス発症まで、あと14時間――。

福沢と鴎外に巣食うは「共喰い」の異能。48時間掛け、極小型の異能生物が宿主のからだを食い破るまでに成長する。だが、どちらかが死ねば、もう一方の異能も停止するという。これこそが、武装探偵社とポートマフィアを潰し合わせるべく弄された、フョードルの策略であった。ウイルスの異能力者を見つけ出すことを第一とし、ポートマフィアの包囲をくぐり抜けた武装探偵社。しかし、その隠れ家と思しき場所へ向かった国木田と敦を待ち受けていたのは……。

「異能力者に死を」――。深夜、人気のない路地裏を一人歩いていた武装探偵社の社長・福沢諭吉が、仮面の男に襲われた。福沢は、武術の達人である。しかし、思わぬ〝赤い閃光〟の餌食となり、一命は取りとめたものの意識を失ってしまう。この頃、夜ともなれば同様の事件が横行し、死者も出ていた。「夜の管理者」たるポートマフィアが、そのような事態を黙って見過ごすわけもなく、すでに犯人は追い詰められていたのだが……。

ヨコハマの貧民街に、元・組合（ギルド）のルイーザの姿があった。知らない人とは目も合わせられない内気な少女が、なぜ、このような危険な場所に？ やがてボロを来た男に金をせびられた彼女は、答える。「差し上げれば、願いを聞いて下さいますか？」。その薄汚れた男こそ――いくら「生きているはずがない」と言われようと、あきらめずに探し続けた、かつてのボス・フランシスだ。だが、フランシスは、ルイーザを拒絶し……。

武装探偵社の憩いの場である喫茶「うずまき」で、元・組合（ギルド）のルーシーが住み込みで働き始めた。自分への〝復讐〟のためだと言われ、心当たりのない敦は戸惑うばかり。そんな中、彼女はぶっきらぼうに書類の束を突きつける。それは、店を訪れた人から託されたという鏡花への探偵仕事の依頼で――？ また別の日、敦は、乱歩から、とある仕事を押し付けられてしまう。だが、向かった現場で被害者の身元を知り驚愕する……。!?

組合（ギルド）戦を終え、その遺産を狙った海外組織が街に流入しているという噂もある中、いわゆる燃え尽き症候群に陥ってしまった武装探偵社は、同じビルの１階で営まれている喫茶「うずまき」で、無為に時を過ごしていた。だが、何者かに店が襲われて……。一方、白鯨（モビー・ディック）の墜落を図った黒幕を追っていた国木田は、残された手がかりを持って、凄腕の情報屋・田山花袋を訪ねる。しかし、花袋はとある理由で異能力が使えなくなっていて――!?

手足を拘束され、頭部を袋で覆われた――〝怪物〟。それは、組合（ギルド）との抗争の際、密かに白鯨（モビー・ディック）墜落を図った、盗賊団「死の家の鼠」の頭目・フョードルであった。ポートマフィアに噛み付いた者には、痛烈なる報いが与えられなければならない。彼をプロの誘拐屋に捕らえさせた五大幹部の一人・エースが、その仕事を買って出る。奴隷同然の扱いを受けている下級構成員の少年・カルマは、袋の鼠となったフョードルを憐れむが……。