JR西日本は2016年3月26日のダイヤ改正で、特急「サンダーバード」「はるか」の増発、JR京都線・JR神戸線ダイヤのリニューアルなどを行う。JR神戸線では新たに摩耶駅・東姫路駅が開業。新快速は昼間時間帯の播州赤穂駅発着の列車が見直しとなる。

特急「サンダーバード」は1往復増発され、下りは大阪駅6時30分発・金沢駅9時13分着の列車を新設。金沢駅到着が現行の始発列車より30分以上早められ、同駅にて北陸新幹線へ乗り継ぐことで、富山駅に9時44分、長野駅に10時48分に着くことができる。上りは金沢駅17時33分発・大阪駅20時9分着の列車を新設。上り最終列車の時刻が繰り下げられ、金沢駅20時47分発・大阪駅23時27分着となる。

特急「はるか」はインバウンドの利用が好調であることを受け、昼間時間帯に6往復増発。運転時刻も見直され、京都駅・新大阪駅では平日昼間時間帯、毎時0・30分に関西空港行「はるか」が発車する。平日昼間時間帯の関西空港発「はるか」も、新大阪駅に毎時5・35分着、京都駅に毎時4・34分着となる。

ダイヤ改正を機に、高槻駅も特急「はるか」の停車駅に追加。朝6～7時台の関西空港行「はるか」4本、17～21時台の関西空港発「はるか」10本が停車する。同駅では混雑緩和を目的に、既存の上り線・下り線ホームの外側に新快速専用ホームが設置され、安全対策として昇降式ホーム柵も導入。ダイヤ改正に合わせて使用開始され、特急「はるか」と新快速(一部列車を除く)が停車する。

同時にJR京都線・JR神戸線(東海道・山陽本線)のダイヤもリニューアルされる。大阪駅では昼間時間帯、高槻方面・三ノ宮方面ともに1時間あたり計8本の新快速・快速が停車するものの、後続の新快速・快速が到着するまでに10分の待ち時間を要することがあった。ダイヤ改正により、新快速・快速の運転間隔は高槻方面・三ノ宮方面ともに7～8分間隔に均等化。あわせて普通列車の運転間隔も7～8分間隔に均等化される。

なお、高槻駅ではホーム新設にともない、新快速と快速・普通列車の同一ホームでの乗換えができなくなる。芦屋駅・三ノ宮駅では、これまで新快速と普通列車が同一ホームに並び、相互に乗換え可能だったが、「改正後の新快速と普通のお乗換えは、ホームでお待ちいただくことになります」(JR西日本)とのこと。昼間時間帯の播州赤穂駅発着の新快速も見直されることになり、一部列車を除き姫路駅発着に変更。姫路～播州赤穂間は別の列車が設定され、姫路駅にて新快速と同一ホームで乗り換えられるようにする。

JR神戸線では、六甲道～灘間に摩耶駅、御着～姫路間に東姫路駅の新駅2駅が開業。摩耶駅は普通列車のみ停車し、平日の1日あたりの停車本数は大阪方面152本・三ノ宮方面151本。東姫路駅は快速・普通列車が停車し、平日の1日あたりの停車本数は三ノ宮方面63本・姫路方面65本とされている。

近畿エリアの在来線ではその他、特急「くろしお」の運転時刻変更と一部列車の京都～新大阪間運転取りやめ、深夜時間帯の天王寺行関空快速の西九条・大阪方面への延長運転、阪和線・大和路線(関西本線)から大阪環状線への直通列車増発と大阪環状線周回列車の見直しなどが行われる。夜に上り3本、朝に下り3本運転される東海道本線大垣駅への直通列車は、ダイヤ改正ですべて米原駅発着に変更となる。