『「健康食品」の素材情報データベース』を公開している独立行政法人国立健康・栄養研究所が、「水素水」についての情報を公開している。これによると、水素水は人での有効性や安全性について信頼できる十分なデータが見当たらず、根拠がないという（産経新聞）。

ここでは下記のように記されており、「水素水」の有効性について根拠が無いことを示している。

俗に、「活性酸素を除去する」「がんを予防する」「ダイエット効果がある」などと言われているが、ヒトでの有効性について信頼できる十分なデータが見当たらない。現時点における水素水のヒトにおける有効性や安全性の検討は、ほとんどが疾病を有する患者を対象に実施された予備的研究であり、それらの研究結果が市販の多様な水素水の製品を摂取した時の有効性を示す根拠になるとはいえない。 水素分子（水素ガス）は腸内細菌によって体内でも産生されており、その産生量は食物繊維などの摂取によって高まるとの報告がある。従って、市販の多様な水素水の製品を摂取した水素分子の効果については、体内で産生されている量も考慮すべきとの考え方がある。

そのほか、水素水に関連するいくつかの論文も紹介されているが、安全性および有効性の療法で「信頼できる十分なデータが見当たらない」との総合評価が下されている。