Ultima controversă referitoare la acest serviciu este legată de numirea şefului Direcţiei Generale de Protecţie Internă după ce Senatul a adoptat, în luna mai, ordonanţa de urgenţă privind modificarea procedurii de numire a conducerii DGPI, însă a eliminat avizul din partea Consiliului Suprem de Apărare a Ţării. Decizia a iscat nemulţumiri la nivelul Administraţiei Prezidenţiale, preşedintele Kaus Iohannis declarând că DGPI este o instituţie militarizată şi nu poate să funcţioneze fără avizul CSAT. Senatorii PNL au atacat legea la Curtea Constituţională, însă judecătorii au respins sesizarea. Ordonanţa în forma adoptată de Parlament nu este în vigoare, urmând ca şeful statului să decidă dacă o avizează sau nu.

În prezent, conducerea Direcţiei este asigurată de colonelul Mihai-Cristian Mărculescu, numit în funcţie de premierul Mihai Tudose.

Direcţia Generală de Protecţie Internă a devenit operaţională pe 1 iunie. Principala atribuţie a DGPI este de protecţie internă a Ministerului Afacerilor Interne, ofiţerii desfăşurând şi activităţi de culegere de informaţii. "Au fost eliminate paralelismele cu atribuţiile celorlalte structuri ale statului şi, de asemenea, au fost prevăzute garanţii exprese privind legalitatea măsurilor şi activităţilor specifice derulate de unitate", explica instituţia pe 1 iunie.

Spre deosebire de DIPI, DGPI nu mai are competenţe în a derula activităţi de culegere de informaţii în scopul prevenirii şi combaterii criminalităţii, circumscrise domeniului crimei organizate, fraudei şi spălării banilor, traficului si consumului ilicit de droguri, traficului de persoane. Nouă structură a fost înfiinţată după ce guvernul a decis în noiembrie desfiinţarea Departamentului de Informaţii şi Protecţie Internă (DIPI) din cadrul Ministerului Afacerilor Interne. Reorganizarea instituţiei a adus la închiderea tuturor dosarelor fostei direcţii, fiind notificaţi beneficiarii, aceştia primind dosarele integral, au declarat surse oficiale pentru MEDIAFAX.

Decizia a fost luată după ce mai multe persoane din conducerea DIPI au fost puse sub învinuire, alături de fostul ministru Gabriel Oprea, pentru cheltuirea nelegală a fondurilor. Într-un dosar disjuns sunt cercetaţi Nicolae Gheorghe, Rareş Văduva şi Gelu Olteanu, toţi foşti şefi din instituţie, dar şi alţi angajaţi.

Controversele privind activitatea serviciului au început încă din 2006, când Omar Hayssam a fugit din România la bordul unei nave, fuga lui determinând revocarea din funcţii a şefilor SRI, SIE şi DGIPI, Radu Timofte, Gheorghe Fulga şi Virgil Ardelean, dar şi a procurorului general al României, Ilie Botoş.

De-a lungul timpului, persoane cu funcţii publice importante au făcut declaraţii referitoare la implicarea politicului în activitatea serviciului.

În 2009, Miron Mitrea, parlamentar la vremea aceea, declara că este de părere că preşedintele PSD Bucureşti de atunci, Marian Vanghelie, "are" arhiva fostului "Doi şi un sfert", sau informaţii din aceasta, dar şi că Vanghelie nu ar fi fost singurul politician care avea are acces la informaţii din partea serviciilor secrete. La rândul lui, Vanghelie susţinea că "s-a dorit" să se puna mâna pe arhiva "Doi şi un sfert", unde e vorba de "fetiţa EBA", care "se încinge" din când în când" şi că arhiva DGIPI "este pe mâini bune". De asemenea, Vanghelie afirma că, din infomaţiile pe care le deţine, la DGPI nu ar mai fi existat date despre Traian Băsescu, exceptând "o bucăţică" cu Omar Hayssam, din care fostul şef al statului "poate să aibă o problemă".

Cu probleme privind DGPI s-au confruntat, începând cu 2009, toţi cei care au condus Ministerul de Interne, unele dispute ducând chiar la demisii la nivel guvernamental. Gabriel Oprea a stat mai puţin de o lună la conducerea instituţiei, din decembrie 2008 până în ianuarie 2009, când şi-a prezentat demisia. Ulterior, în declaraţii publice, fostul ministru a declarat că a renunţat la funcţie din cauza presiunilor venite din partea liderilor PSD, care ar fi încercat să-i impună o anume persoană pentru funcţia de şef al serviciului secret al MAI. " Eram ministru al Administraţiei şi Internelor şi nu am vrut, cu toate că am fost constrâns politic, să numesc nişte oameni pe funcţii de siguranţă naţională - prim-adjunct al ministrului şi şeful DGIPI - şi neavând altă cale - în momentul când am fost constrâns şi ameninţat că voi fi terminat politic - n-am făcut compromisuri şi mi-am dat demisia".

Ulterior, la şefia MAI a fost numit Liviu Dragnea, pe 20 ianuarie 2009. Nu a deţinut acest portofoliu decât 12 zile, până pe 11 februarie 2009, când a demisionat, motivând prin fondurile insuficiente primite.

Următorul ministru de Interne a fost numit Dan Nica, pe 11 februarie 2009. Nouă luni mai târziu, a fost revocat din funcţie.

Pe 16 octombrie 2009, preşedintele de la acel moment, Traian Băsescu spunea că fostul ministru, Dan Nica, a pus serviciul secret al MAI la dispoziţia lui Vanghelie, Cătălin Voicu, Mitică Iliescu. "Teoretic nu poate (avea acces la arhiva DGIPI - n.r.). Dar poate, pentru că acel serviciu a fost pus total la dispoziţia lui Vanghelie, Mitică Iliescu, generalul care a fost la Serviciul Român de Informaţii şi a lui Voicu. Întrebaţi cei doi miniştri de Interne, Oprea şi Dragnea de ce au plecat. Ce n-au vrut să facă ei doi a făcut Nica, deşi a avut o discuţie cu mine în care i-am spus să nu o facă", a declarat Traian Băsescu.

După revocarea lui Nica, la conducerea ministerului a fost numit, interimar, Vasile Blaga. În noiembrie 2009, acesta a declarat că a prezentat la Comisia de apărare a Camerei "neajunsurile" faţă de modul în care "s-a desfăşurat activitatea de arhivare a documentelor la Direcţia de Informaţii şi Protecţie Internă" şi că "doar o treime din dosare se află în arhivă".

"Un lucru este foarte clar: în arhivă, în ultimii trei ani, au intrat doar şase oameni. Din păcate, două treimi din dosarele operative se află în fişetele ofiţerilor şi, de acolo, sigur că s-au putut întâmpla ilegalităţi. Am şi arătat situaţia : 8 ofiţeri vizavi de care am făcut demersurile către Parchetul general, pentru că dânşii sunt cei care dispun cercetării cazului, am trimis toate documentele pe care le aveam către respectiva instituţie", spunea Vasile Blaga.

Blaga a declarat, ulterior, că Direcţia trebuia reorganizată demult, pentru că de trei ani funcţiona ilegal, deoarece nu a mai avut acceptul Consiliului Suprem de Apărare a Ţării (CSAT). "În ziua în care am preluat mandatul, Divizia Bucureşti a DGIPI a avut de predat o singură foaie. În trei ani a avut activitate zero", a susţinut Blaga.

O altă declaraţie referitoare la subiect îi aparţine fostului preşedinte Traian Băsescu, care spunea în octombrie 2009 că "s-a constatat că redări ale unor ascultări făcute de unitatea de informaţii a Ministerului de Interne au fost multiplicate şi distribuite" menţionând însă că "nu există proba implicării ministrului Nica".