朝日新聞は５月１７日付朝刊１面（東京本社発行最終版）で、獣医学部新設をめぐり、文部科学省が内閣府から「総理のご意向だと聞いている」「これは官邸の最高レベルが言っていること」などと言われたと記録された複数の文書の存在について、「新学部『総理の意向』 加計学園計画 文科省に記録文書」と報じた。

記事に挙げた文書の一つには、国家戦略特区での獣医学部の新設時期について、後に加計学園が特区の事業者になる愛媛県今治市の名が明記され、「今治市の区域指定時より『最短距離で規制改革』を前提としたプロセスを踏んでいる」とし、「これは総理のご意向だと聞いている」とあった。

足立氏は１５日の衆院文科委で「５月１７日の朝日新聞は捏造（ねつぞう）であると思うか」と質問。林芳正文科相は安倍晋三首相からの直接の指示などはなかったとしたうえで、「獣医学部設置の時期について、総理の意向があると内閣府から伝えられたと受け止められるようなメモが作成されてしまったと推察する」と答弁した。

朝日新聞はこの報道に当たり、文科省が内閣府とのやり取りなどを記録した１０点以上の文書を入手。複数の関係者から取材し、確認をとった。

文科省は６月１５日に文書に関する調査結果を発表。「総理のご意向」と書かれた文書を含め、複数の内部文書が実在し、省内で共有されていたと明らかにし、その内容も公表。その後は、こうした文書をもとに国会審議が行われている。

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朝日新聞社広報部の話 国会という場で弊社報道を「捏造」とした足立氏の発言は事実に反し、弊社の名誉を著しく傷つけるものです。