O processo de fabrico do Queijo São Jorge DOP é feito a através do leite cru, que quando entra na fábrica, é alvo de uma limpeza para retirar as suas impurezas e de seguida é aquecido a uma temperatura de 31º graus. Depois de atingida a temperatura pretendida, adiciona-se o soro fermento do dia anterior e do coalho animal. Durante a coagulação, existem modificações do leite por ação das enzimas proleolíticas, fazendo a coagulação do leite. Passada uma hora, ocorre um 1º corte lento, e dez minutos depois, um 2º corte. Depois deste passo, ocorre uma agitação, uma cozedura e uma prensagem de quase 3 horas a 35º graus e, logo de seguida, uma dessora parcial. Aqui é retirado o soro que será utilizado no dia seguinte. Sucede-se a fase de arrefecimento até 30º graus e depois inicia-se o trabalho manual da coalhada para obter grãos do tamanho dos grãos de milho. Logo depois na salga, é feita a moldagem em formas típicas, cobertas de pano fino e coloca-se o selo de caséina. Na última da etapa de fabrico, ocorre a fase de maturação do queijo, que dura pelos menos 4 meses, com várias viragens, raspagens, rotugalens e parafinagem. Durante a cura do queijo, as enzimas atuam e providenciam o sabor e o aroma único do queijo. Até à sua comercialização, o queijo é submetido a provas e a uma preparação para que fique assegurada a sua qualidade e para que este chegue às suas mãos na máxima plenitude da sua singularidade.