En 2018, les frais de gestion des organismes complémentaires de santé se sont élevés à 7,5 milliards d'euros, dépassant ceux des organismes de la Sécurité sociale, selon un rapport de la Drees. La Sécurité sociale gère pourtant la plus grosse part de l'enveloppe des dépenses courantes de santé contre 13,4% pour les complémentaires santé, sur un total de 280 millards d'euros, soit six fois plus. Les organismes complémentaires, ce sont les mutuelles, les institutions de prévoyance et les sociétés d’assurances.

Depuis dix ans, la part de frais de gestion des organismes complémentaires ont augmenté de près de 50% alors que ceux de la Sécurité sociale ont diminué. En pourcentage de l'enveloppe des frais de gestion, la part des organismes complémentaires privés s'élève à plus de 20% contre 3,4% pour la Sécurité sociale.

Qu'est-ce qui explique que le secteur privé fasse moins bien que le public dans la maîtrise des dépenses ? Les fonctions ne sont bien évidemment pas totalement comparables : la Sécurité sociale effectue elle-même le traitement des premières demandes, fait davantage de traitements papier, plus coûteux en général que les feuilles de soins électroniques. Les complémentaires, de leur côté, interviennent sur certaines dépenses non prises en charge (implants dentaires, ostéopathie…), et réalisent parfois des actions complémentaires (prévention, action sociale…). Les frais de gestion des sinistres des complémentaires représentent ainsi environ 4% du total des cotisations perçues.

Mais les frais de gestion de ces organismes de santé sont surtout grevés par deux postes : les frais d’acquisition, qui représentent une moyenne de 8% de leurs cotisations et les frais d’administration, 8% également. A la différence de la Sécurité sociale, les complémentaires sont en effet en situation de concurrence et l’acquisition de nouveaux clients coûte cher : publicité, marketing, rémunération d’intermédiaires. Du côté administratif, du fait de leur taille inférieure, il est plus difficile pour les organismes privés de générer des économies d’échelles que pour la Sécurité sociale. Chaque cotisant qui quitte une mutelle pour en rejoindre une autre engendre des frais administratifs des deux côtés. Les assurances privées ont par ailleurs, pour certaines d'entre elles, des actionnaires à rémunérer.

Pour diminuer les dépenses de la Sécurité sociale, le gouvernement a tendance à confier un rôle de plus en plus important aux mutuelles et assurances privées : déremboursement de certains médicaments ou de certains actes médicaux, mutuelle obligatoire pour les salariés depuis 2016. Ce qui n'est pas un très bon calcul du point de vue de l'assuré social, les frais de gestion finissant toujours par se répercuter sur les tarifs.