学校法人・森友学園（大阪市）への国有地売却問題で、焦点になってきた地中のごみに関する財務省の２ページ分の文書が、改ざんの際にすべて削除されていた。文書には、ごみを理由に値引いて学園に土地を売ることになった経緯などが記されていた。削除された当時、野党が国会でごみの積算方法について追及を強めていた。

昨年２月の大幅値引き問題の発覚後、売却額が適正だったかが国会で議論されてきたが、この文書を踏まえた審議ができなかったことになる。１９日の参院予算委員会の集中審議でも問題になる可能性がある。

削除されたのは「国有財産の鑑定評価委託業務について」のうちの「決裁参考」と題した文書。同省近畿財務局が作成し、１２日に財務省が１４件の改ざん文書の一つとして公表した。

学園は２０１６年３月、地中から「新たなごみ」が見つかったと報告。開校に間に合わせるため、ごみ撤去費を値引いた額で土地を買い取ると申し出た。

文書が作成されたのは翌４月。学園の弁護士から「現状を踏まえた評価による価格提示」があれば土地を買って問題解決を図りたいと提案を受けたとし、ごみ撤去には「国として有効な問題解決方法を学園に提示できない」と記載。対応が遅れると「損害賠償請求を受けるリスクを抱えている」とし、売却が「問題解決の現実的な選択肢」などと記している。

不動産鑑定については、ごみの撤去費を踏まえて評価額を出すと明記。この土地が軟弱地盤で、「高層階の建物を建築するために（中略）地盤対策が必要」という点も評価に反映させる、との記載もあった。

財務局は１６年６月、ごみ撤去費８億１９００万円などを値引き、１億３４００万円で土地を売却。一方、小学校が低層だったため、地盤対策の費用は不動産鑑定士が差し引かなかったことが判明している。

会計検査院は昨年１１月、ごみの積算根拠を「不十分」と指摘した。

この文書の削除について朝日新聞が１６日に問い合わせたところ、財務省広報室は「国会対応のため、回答は厳しい」と返答した。